La chiesa di S. Giovanni Evangelista sorge su una terrazza pensile al limitare del centro storico di Mercallo.
Il sagrato domina un ampio panorama aperto al medio Varesotto, punteggiato di laghetti e chiuso in lontananza dal profilo del Sacro Monte e dalle Alpi svizzere.
L’edificio appare come il frutto di una ricostruzione “in stile”, avviata nel 1891 e conclusa un decennio dopo, ma risale a secoli addietro e delle varie fasi di trasformazione conserva interessanti tracce.
Il nuovo tempio, infatti, fu innestato ortogonalmente al precedente, orientato a est, lasciandone sopravvivere molte parti di fabbrica, tra cui il presbiterio, ricondotto a sacrestia, e la facciata tardo seicentesca, oggi inglobata nel prospetto laterale.
La riedificazione fu portata avanti secondo un disegno di don Enrico Locatelli, non rara figura di sacerdote-architetto della fine del XIX sec. avviato alla professione dall’esempio di alcuni antesignani, tra cui don Ercole Marietti che, nella seconda metà del secolo, si era fatto interprete precoce di istanze storiciste (parrocchiale di Galliate).
La facciata è suddivisa in tre campate, due minori laterali e una maggiore, centrale, leggermente aggettante.
Il corpo principale presenta un profilo a capanna; le ali laterali vi sono raccordate seguendo il profilo della falda inclinata delle navatelle interne corrispondenti.
I settori della facciata sono separati da salienti e percorsi da bande dipinte alternate.
Al centro si apre un ricamato rosone in cotto stampato.
I tre portali, con cornici in laterizio, sono coronate da lunette a pieno centro, ulteriormente impreziosite da una ghiera a bande bicrome.
L’intero prospetto è concluso da una cornice a dentelli e archetti pensili, pure ottenuta con laterizi stampati.
I salienti sono coronati da pinnacoli, il colmo centrale da una croce di cotto.
L’interno è scandito in tre navate, secondo la suddivisione anticipata dal prospetto.
La navata maggiore è separata dalle minori da pilastri polistili alternati a colonne di granito e posti a reggere archi ribassati.
Le volte sono a crociera.
L’abside termina con profilo poligonale e conserva l’altare maggiore della chiesa antica, insigne opera d’intaglio ligneo, di bottega anonima e non ancora inquadrata dagli studi nell’ambito della produzione varesina, ricca di risultati di valore nella diffusione di simili manufatti lignei nel corso del XVII sec.
Le due navatelle presentano due altari terminali ai lati del presbiterio; sono dedicati a san Giovanni Evangelista (a sinistra) e alla Madonna del Carmelo (a destra).
Quest’ultimo, in legno intagliato, scolpito, dipinto e dorato risale alla fine del XVII sec. e rappresenta un altro elemento di pregio recuperato dalla primitiva sede.
L’ispirazione complessiva dell’interno, di gusto vagamente neo-bizantino, è documentata dai capitelli (sormontati di pulvino quadrato), dove si dipana una decorazione scultoria intessuta di rimandi biblici.
La chiesa è orientata a nord.