La Chiesa di Sant’Agata alla Pescalina presenta una pianta longitudinale; l’aula unica, voltata a botte, si conclude in un’abside poligonale con volta ad ombrello. La sacrestia ed il campanile sono collocati a sinistra dell’edificio di culto. L’area presbiteriale risulta sopraelevata di alcuni gradini rispetto al piano di calpestio dell’aula. Le superfici interne presentano una tinteggiatura uniforme, chiara. Nella campata antistante in presbiterio, voltata a crociera, è stata lasciata testimonianza della muratura originaria. La pavimentazione, realizzata di recente, è in cotto lombardo. Esternamente, la facciata presenta il tipico profilo a capanna, con portale di accesso sovrastato da un’apertura a mezzaluna. Le facciate laterali testimoniano le vicende costruttive dell’edificio: a destra la porzione corrispondente all’ultimo ampliamento è intonacata, mentre la parte più antica è in pietra a vista; a sinistra è stata lasciata in pietra a vista la sacrestia, come il presbiterio, mentre la parte rimanente della facciata laterale è intonacata. La facciata e il campanile sono tinteggiati.
1200 – La chiesa di Sant’Agata fu costruita, o meglio ricostruita, alla fine del Duecento del Cardinale Guglielmo Longhi, segretario di Papa Bonifacio VIII.
1675 – Carlo Francesco Longhi si fece sacerdote e intorno al 1675 fece sistemare la costruzione:”Al contrario adesso essendo riedificate le mura di dentro, fattosi la volta con cornice attorno, e nel mezzo a dissegno, fattosi il suolo, portato aventi l’Altare, e messaci l’Ancona con cornice in parte dorata, et imbaglio con scalino e pallio molto belli, con invetriate alle finestre e la porta in noce”.
1749/06/14 – Il 14 giugno 1794 gli Oratori di San Giuseppe e Sant’Agata furono visitati dall’Arcivescovo Filippo Visconti e nel relativo decreto per Sant’Agata si prescrive che sia riparata la porta esterna dell’Oratorio, dove è necessario siano messi dei vetri specialmente per tenere lontano il freddo, siano poste le inferriate e l’effige del Gesù Redentore pendente dalla Croce sia collocata secondo norma sotto l’arco primario.
1830/08/23 – La relazione del collaudo dei lavori eseguiti in Sant’Agata porta la data del 23 agosto 1830. In essa sono minuziosamente descritte le opere effettuate: la chiesa fu allungata e si costruì la nuova facciata, su cui fu ricavata una finestra semicircolare, fu rifatto il campanile, riparati i muri interni e il pavimento e fu rimesso in buono stato il tetto.
2009 – Rifacimento delle coperture, restauro conservativo delle superfici esterne ed interne. Nuova pavimentazione in cotto lombardo. Restauro campanile (copertura e superfici).