La chiesa di S. Marta è collocata in fregio ad un antico asse stradale della città, in prossimità del centro storico. Il portichetto che la caratterizza è frutto di un’aggiunta posteriore. Due aperture, che dalla chiesa conducevano sulla strada, sono ora chiuse, probabilmente in occasione dell’aggiunta del portico.
L’edificio è rettangolare e coperto da una volta appena ribassata con presbiterio rettangolare rivolto verso nord est, appena rialzato rispetto l’aula. La volta del presbiterio è affrescata con la raffigurazione della Gloria di S. Marta.
L’intero edificio è in stile Barocco Lombardo. Alcuni arazzi damascati adornano le superfici laterali della navata. La contro parete è occupata da una loggia, quest’ultima illuminata da una grande finestra, soprastante la porta d’ingresso disegnata dal Bovara.
A destra si apre una piccola sacrestia con pavimento in cotto e superfici tinteggiate, compreso il soffitto piano. Da questo ambiente si accede a una piccola cappella devozionale, protetta da grata in ferro, che si affaccia sull’altare.
La facciata in stile barocco, con timpano mistilineo completamente a vento, è arricchita da un portico con tre fornici, sorretto da colonne in granito e sovrastato da volte a crociera. Il pavimento è lastricato con Nero di Varenna.