La facciata della chiesa è a capanna, in laterizio, divisa in tre parti da due contrafforti, con altri due contrafforti sporgenti alle estremità. Il fronte termina con tre pinnacoli alti come la metà dei fianchi della chiesa. Sempre in facciata sono presenti tre aperture circolari, con quella centrale di dimensioni maggiori e più in alto delle due laterali. La chiesa rappresenta dal punto di vista architettonico un esempio della cultura di transizione tra tardogotico e rinascimento. La chiesa è a navata unica su cui si affacciano le cappelle laterali, tra cui Cappella Bonfio risulta essere la più ampia. La navata è coperta da volte a crociera, mentre lo spazio del presbiterio con l’abside sono coperti con una volta “ad ombrello”.
XIII – Viene eretta intorno alla metà del XIII secolo una prima chiesa per iniziativa del Vescovo Giovanni de Giroldi con l’intitolazione a S. Clemente.
XV – All’epoca esisteva una chiesa dedicata a S. Maria Maddalena, situata in borgo Ognissanti, presso l’antica porta S. Lorenzo. Da questa chiesa tra il XV e il XVI secolo, fu trasportato nella chiesa di S. Clemente un simulacro molto venerato della santa. Fu così che la chiesa cominciò ad assumere la doppia intitolazione a S. Clemente e S. Maria Maddalena.
1450 – Molte case in via Gonzaga furono vendute a piccoli proprietari appartenenti a un ceto superiore e ciò potrebbe giustificare la decisione di abbattere la chiesa originale per ricostruirne un’altra più grande e più bella.
1484 – Lazzaro Pozzali, seguace dei De Lera, uno degli architetti più impegnati nel rinnovamento architettonico rinascimentale della città, voluto da Bianca Maria Visconti progetta la chiesa. La decorazione fittile della facciata è attribuita a Rinaldo de Stavoli, il più noto dei maestri terracottai cremonesi di fine Quattrocento.
1623 – La chiesa fu interessata da un vasto intervento di riforma: su progetto dell’architetto Carlo Mariani, la volumetria quattrocentesca fatta di semplici scansioni geometriche ravvivata in superficie dagli affreschi, lascia il posto ad un sistema plastico più articolato, mosso in superficie dal rilievo degli stucchi. Venne alzato il pavimento e furono abbassate le volte delle cappelle in modo che lo slancio verticale tipico del tardo gotico fosse riportato entro i canoni classici; le lesene della navata furono ornate con gli stucchi e le porte e finestre furono rimodellate. L’intervento, che avrebbe dovuto interessare tutta la chiesa, restò però interrotto a causa dell’epidemia di peste del 1630 e non venne più ripreso, lasciando inalterata la struttura del presbiterio e le volte della navata. Vengono aperte nuove finestre e le esistenti vennero ampliate trasformando in lunettoni gli oculi originari delle cappelle e in serliane quelli posti sopra le porte.
1743 – Nel presbiterio viene sostituito l’altare maggiore con l’attuale, realizzato con marmi preziosi su disegno di Giovanni Battista Zaist. Scomparvero diverse opere mentre vari dipinti provenienti da chiese soppresse in età napoleonica sono qui collocati.
1805 – Nel 1805 veniva soppresso il convento dei Carmelitani Scalzi di S. Imerio e la chiesa divenne parrocchiale con la traslazione del titolo di S. Clemente.
1875 – Venne affrescata la volta a finto intarsio e realizzata una nuova intonacatura delle pareti, coprendo buona parte degli affreschi rimasti.
1964 – Furono consolidate le strutture della chiesa e furono riportati alla luce gli affreschi quattro e cinquecenteschi, restituendo così la leggibilità storica dell’edificio.
2004 – Manutenzione ordinaria del tetto attraverso ripasso della copertura e sostituzione degli elementi di piccola e media orditura deteriorati e sistemazione delle scossaline.