L’esterno della chiesa di Santa Maria alla Fontana è interamente faccia a vista in mattoni e ciottoli. Il prospetto principale presenta il portale d’accesso, trilitico e una finestra superiore dal profilo semplice. Sopra il portale sono inseriti nella muratura alcuni elementi tra cui lo stemma della famiglia Branda Castiglioni.
L’interno è organizzato in un’aula unica, coperta a botte, con una cappella laterale sul lato sinistro per chi accede alla chiesa e dedicata a San Giuseppe. L’altare di tale cappella, dipinto in forma di finta architettura inquadra una raffigurazione dello sposalizio della Vergine. Nella parte inferiore è posto un paliotto proveniente da Villa Caproni.
Sul muro di fondo del presbiterio si trova una raffigurazione pittorica della Madonna Assunta inserita in una falsa architettura dipinta. Lo spazio liturgico è stato riorganizzato a metà degli anni 90 del 900 con la demolizione dell’altare novecentesco e la costruzione della nuova mensa in cristallo.
A fianco della chiesa sorge la torra campanaria dello stesso periodo dell’edificio di culto.
1532 – E’ attestata l’esistenza di una cappella dedicata a S. Maria
1542 – Fondazione della prima chiesa di S. Maria voluta dai coniugi Giambattista Castiglioni e Ippolita Figini
1677 – La chiesa di S. Maria viene ricostruita, nelle attuali forme
1761 – A seguito della constatazione delle cattive condizioni di conservazione della chiesa (visita pastorale 1756) si eseguirono lavori di riparazione sul campanlie, sulla cappella di San Giuseppe, nella sacrestia, sulla balaustra e sulla porta di ingresso e l’imbiancatura interna
1860 – Rifacimento delle balaustre
1936 – Interventi di sostituzione del pavimento del preesterio e di inserimento di vetrate artistiche
1941 – Realizzazione del pavimento in marmo attuale
1988 – restauro della torre campanaria
1993 – Lavori di restauro progettati dallo studio di restauro C.A. Lotti di Varese. Hanno interessato le pareti interne, cion rimozione di intonaci e messa i evidenza delle strtture e decorazioni più antiche. Ripristino delle strutture presbiteriali antiche.
1995 – Allestimento del presbiterio con gli elementi (tabernacolo, leggio etc.) progettati dall’architetto Franco Barbieri