La facciata della chiesa è intonacata, divisa verticalmente da coppie di lesene poco sporgenti, scanalate e ioniche nell’ordine inferiore e piatte e corinzie in quello superiore, che definiscono la tripartizione interna delle navate. La zona inferiore della navata è caratterizzata al centro dal portale marmoreo di Sebastiano Nani, affiancato da due ingressi laterali. Due volute dai profili marmorei raccordano i due ordini orizzontali separati da un cornicione decorato aggettante e sormontato da due oculi laterali. La zona superiore centrale è sormontata da un timpano con ai lati due pinnacoli. Sopra il portale si trova una serliana. Il portale d’ingresso marmoreo mostra volute e semicolonne.
All’interno, il transetto è allineato ai muri perimetrali e accanto alla navata si trovano cinque finte cappelle laterali per lato, tutte delimitate da porzioni di muro. Prima dell’inizio della zona presbiteriale, che termina con un’abside semi-circolare, si trova una cupola decorata.
XI – Prima dell’attuale chiesa, le fonti ricordano un altro edificio fondato grazie alle donazioni di Ardingo di Albizzone e della moglie Edina, affidato nel 1068 ai
benedettini ospitati nell’adiacente monastero. Di questo edificio permangono alcuni resti del portale con la raffigurazione dei mesi post-nicoliani.
1439 – Il 1 luglio 1439, con la Bolla di papa Eugenio IV, i Canonici Lateranensi di Santa
Maria della Fregionaia, noti come Canonici Lateranensi, si sostituiscono ai Benedettini vessati dai debiti. La chiesa viene quasi certamente ampliata e vengono costruiti altari e cappelle, tra cui la cappella di Gerolamo Visconti (1528) affidata a Paolo Sacca e Matteo da Prato. Di questo periodo non rimane alcune traccia.
1555 – L’abate Colombino Rapari intraprende una riqualificazione complessiva dell’edificio affidando i lavori architettonici a Gaspare Cairano da Brescia e Agostino da Covo, mentre per la definizione pittorica della volta si rivolge a Cristoforo Rosa e Lattanzio Gambara (1568). Nel 1570 l’abate muore dopo aver fatto abbellire la chiesa con opere tuttora presenti, realizzate da Giuseppe Sacca, Bernardino Gatti, Giulio Campi e altri. Il giorno dell’epifania del 1573 la volta della chiesa crolla improvvisamente.
1573 – Francesco Dattaro si occupa della progettazione della chiesa attuale.
1573 – Il 7 maggio del 1573 i “fabrimurari” Francesco Capra, Antonio Torre, Nicola Dellanoce, riedificano la chiesa dopo il crollo, rinforzando le mura perimetrali, risistemando le cappelle laterali e la zona presbiteriale che viene allungata e ampliata. Sebastiano Nani realizza il portale.
1575 – Inizia la decorazione pittorica della volta della navata maggiore, delle navate laterali e della zona presbiteriale: transetto (Antonio Campi), volta navata maggiore (Giovanni Battista Trotti il Malosso, Ermenegildo Lodi), navatelle laterali (Ermenegildo Lodi, Cristoforo Magnani, Luca Cattapane e altri), volta presbiterio (Giorgio Picchi), cupola (Orazio Lamberti e Antonio Maria Viani). Negli ultimi anni del secolo XVI viene realizzato l’organo in controfacciata, in sostituzione dell’organo posto nel transetto sinistro. Nel 1579 Brunorio Cambio inizia la decorazione a stucco lungo la navata maggiore e le navatelle.
1657 – Vengono realizzati i grandi quadroni della controfacciata (Jacopo Ferrari, tre quadroni con “Storie di San Bernardo di Mentone” (il quadrone centrale si trova nel refettorio monastico, 1664), del transetto: “Martirio di San Tommaso di Canterbury” (Giovanni Battista Natali) e “Martirio di S. Felicita e figli” (Carlo Picenardi jr.) 1657 e 1658, e della zona presbiteriale (Jacopo Ferrari, “Elemosina di S. Guarino” e “Martirio di Alessandro I papa”. “Battesimo di Valeriano” e “Battesimo di Agostino” attribuiti a Giovanni Battista Natali). Verso la fine del XVII secolo vengono decorati a fresco i pilastri tra gli altari laterali da Giuseppe Natali.
1779 – Il 10 ottobre 1779 la canonica viene definitivamente soppressa e i Canonici lateranensi lasciano la chiesa. Si susseguono Carmelitani Neri (1782), Barnabiti (1789) e Signori della missione, fino al 1808.
1808 – In seguito alla soppressione della parrocchiale di San Giorgio, la chiesa di San Pietro venne eretta a sede parrocchiale.
1840 – La torre campanaria viene innalzata ad opera di Luigi Voghera.
1856 – Viene posizionato in controfacciata l’organo Lingiardi.
1870 – Davide e Giovanni Bergamaschi dipingono le “Storie di papi” sui pilastri della navata centrale, realizzano le ancone lignee degli altari, l’altare dell’Immacolata concezione, il pulpito con pannelli cinquecenteschi.