500 d.C. – Nella citta di “Leucerae” al tempo dei Romani, sulla collina di S. Stefano alle pendici del Monte S. Martino, era collocato un accampamento militare, simbolo del potere Imperiale. La prima chiesa di Lecco per il culto cristiano venne costruita in quel luogo, dedicandola al protomartire Stefano. I resti dell’edificio sono esigui ma fanno pensare che la prima comunità esisteva già nel 450 D.C.
Quando nel 558 arrivarono a Lecco i Longobardi, in particolare con la Regina Teodolinda, il popolo venne sempre più convertito al cristianesimo, anche grazio all’impulso della proposta di pace di Papa Gregorio Magno.
L’antica patronale dedicata al protomartire lasciò il passo alla chiesa dedicata a S. Nicola, popolare tra i naviganti e i marinai, visto lo sviluppo del nuovo centro civile legato ai traffici sul lago. S. Stefano rimase come compatrono in memoria della prima comunità cristiana lecchese. La piccola chiesa pare sia stata danneggiata durante la rappresaglia di Matteo Visconti.
XII – Vicino alle sponde del Lario l’antica basilica era ampia come la navata centrale dell’attuale, divisa in tre navate da un colonnato di cui si è trovata qualche traccia. L’antica chiesa aveva tre cappelle con altari.
Nel 1535 S. Nicolò era ridotta molto male e con Francesco Sforza si ebbe una nuova edificazione in sostituzione di quella antica. Dai documenti si evince che questa struttura già nel 1570 aveva un portico e una scala. Con San Carlo Borromeo la Prepositura si spostò da Castello a Lecco città, con conseguenti riflessioni sull’edificio che si adeguò tramite ampliamenti e ritocchi. Nel 1747 il cardinale Pozzobonelli la trovò senza pavimento e con la facciata decadente.
1600 – Arsenio Mastalli fece uno studio sulle chiese di Lecco, come si presentavano all’inizio del Seicento. Egli descrive anche il piccolo Oratorio dedicato a S. Stefano che in quel periodo si trovava in condizioni disastrose, con i muri d’ambito, il pavimento e il tetto distrutti. Durante le piogge la chiesa diventava impraticabile ma aveva ancora due altari. Nella solennità di S. Stefano si celebrava la messa e si recitavano i Vespri. Tra il 1786 e il 1800, con il Prevosto Benedetto Volpi, la piccola chiese venne demolita definitivamente e sostituita con una casa colonica completa di cappellina dedicata a S. Stefano.
In quel periodo era già in uso la chiesa dedicata a S. Nicolò.
Sullo stesso colle di Santo Stefano venne rinvenuta un’iscrizione sepolcrale del 535 d.C. riferita a un sacerdote di nome Virgilio.
XIX – Nell’Ottocento, con il prevosto Mascari e l’arch. Bovara la chiesa di S. Nicolò si trasformò in basilica. Si lavorò per trent’anni per l’ampliamento e si interruppero le opere per un lungo periodo, lasciando la chiesa incompleta. Con il prevosto Galli si aggiunse l’atrio e con il successore Mons. Vismara la si decorarono con colori e con oro le superfici interne.
1940 – Intorno al 1940 con l’ing. Giulio Amigoni e con l’Arch. Mino Fiocchi si pensò a un progetto per migliorare l’edificio e nel 1950 si presentò la proposta per costruire il transetto. Nel frattempo si ultimarono le decorazioni interne e si consacrò la chiesa nel 1930 a cura del cardinale Ildefonso Schuster.

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