La chiesa è collocata in posizione paesaggistica di rilevante qualità, infatti è affacciata verso la città di Lecco. L’orientamento dell’altare è diretto verso nord est e si rifà alla tipologia della Basilica di Lourdes. All’esterno è presente il campanile centrale, posto in facciata, completamente rivestito di pietra bianca e mattoni laterizi. Così anche l’intero edificio si presenta rivestito da lastre bianche e mattoni laterizi pieni.
Gli archi a sesto acuto, le altezze e i pennacchi, guglie, archetti rampanti, rimandano allo stile neo gotico.
Dal cortile ghiaioso si imposta la scalinata del Westbau. il portone è ligneo.
1908 – Prima di edificare la chiesa venne realizzata la Grotta nel 1908. Il parroco di allora, Don Giovanni Piatti, propose al popolo di adattare una caverna esistente in località Comune per creare un ambiente come quella esistente a Massabielle. Questo per avere in paese un ricordo perpetuo del 50° anniversario dell’apparizione mariana. Tutti i residenti parteciparono attivamente alla costruzione, anche i più piccoli. La grotta fu benedetta da Monsignor Cesare Viola il 26 ottobre 1908. Da quel giorno i fedeli si recano alla grotta per pregare. Dopo il primo conflitto, l’autorità ecclesiastica vietò di celebrare la messa all’altare della grotta di Acquate.
Nel 1928 lo stesso parroco, dopo un viaggio a Lourdes propose di costruire il santuario per ringraziare una guarigione avvenuta. L’architetto Monsignor Spirito Chiappetta abbozzò il progetto ispirandosi alla basilica di Lourdes.
1930 – Dopo la visita del cardinal Schuster ad Acquate, nel 1930, il progetto prese forma e si rese esecutivo grazie al geometra Attilio Villa di Lecco. Il progetto venne approvato dal Monsignore con la nota di costruire il campanile centrale in pietra e non in cemento armato. Ma il comitato scelse la soluzione più economica del geometra e vennero rivestiti i pilasti gettati con lastre di pietra bianca.
Nel 1931 l’impresa Guglielmo Colombo di Acquate, iniziò gli scavi per la formazione del piazzale dove edificare la nuova chiesa. La prima pietra fu benedetta dal parroco Piatti il 30 aprile 1933. Il costo a opera finita ammontò a lire 400.000 e fu inaugurata il 24 settembre 1934. Le campane provenienti da Bonacina e collocate sul nuovo campanile suonarono festose. Sono dedicate a Dio, a San Bernardino, alla B.V. Maria e a S. Carlo.
1947 – Rimaneva solo l’ultimazione del piazzale e la costruzione della scalinata da collocare tra la Grotta e la nuova Chiesa. Nel 1947, con economie racimolate in città e il lavoro manuale degli Acquatesi, la nuova scalinata fu inaugurata il 21 settembre 1947.
Nel 2016 vennero rifatte le coperture e pulite le facciate.