La piccola chiesa è aggregata a un complesso residenziale signorile, nel centro di Acquate. Non ha una facciata principale e l’ingresso è posto sul lato, a fianco della torre campanaria.
L’orientamento dell’abside è verso nord est.
1563 – Il fondatore della cappellania sarebbe il Presbiterio Francesco Airoldi che nel testamento del 23 luglio 1563 cita la sua volontà. Un legato fu fatto nel 1590 al cappellano da Giacomo Airoldi, dove il fratello presbitero Francesco divenne ufficiale fondatore dell’Oratorio e del beneficio dell’Immacolata Concezione.
Il testamento della fondazione della Cappellania dell’immacolata Concezione di Acquate, fu rogato da Antonio Airoldi, pubblico notaio di Milano, il 25 luglio 1563 e trascritto integralmente negli Atti della Visita Pastorale del Cardinale Federico Borromeo nel 1608.
Nel 1569 la chiesa era già edificata. Nella relazione di Visita di quell’anno venne dichiarata non consacrata, con le volte e le pareti ben rivestite di calce. Vi erano tre finestre e l’altare era ornato con diverse opere d’arte. Il campanile poggiava su due pilastri e aveva due campane. In quella visita si diedero indicazioni per le celebrazioni che dovevano essere quotidiane. La chiesa era dotata di un organo.
1608 – Nella relazione di Visita del secondo Borromeo si descrive l’edificio indicando la torre campanaria di forma quadrata, edificata vicino alla cappella maggiore, con le campane abbastanza sonore ma non benedette. In cima era presente una croce di ferro di grandi dimensioni. La chiesa era rivolta a oriente, aveva pareti grezze e non era ben tenuta ne pulita. Anche questa chiesa aveva il cimitero, posto davanti alla porta laterale, senza recinzione e facilmente accessibile dagli animali. La casa del Cappellano, Francesco Gattinoni distava dalla chiesa quindici passi. Nel 1613 passò la nomina a Giuseppe Gattinoni.
1688 – In un documento del 1688 la chiesa si dichiara lunga 28 braccia e larga 13, aveva un solo altare verso levante, con la sacrestia a sinistra e il campanile dotato di due campane. Il cappellano titolare era Luca Antonio Giorgio di Mandello, della Diocesi di Como.
1747 – Nel 1747 un benefattore anonimo regala all’Oratorio undici quadri raffiguranti diversi santi, da tenere sempre appesi alle pareti.
1957 – Il primo significativo e documentato intervento di restauro alla chiesa, venne effettuato nel 1954. Le parti interessate furono molteplici: Il tetto, il soffitto, il pavimento, il nuovo impianto elettrico, gli intonaci delle pareti esterne e il campanile. Nell’occasione venne anche realizzata l’opera collocata sopra alla porta d’ingresso, a cura del prof. Volpi di Bergamo.
Nel 1967 venne rimossa la tela d’altare con S. Anna, Gioacchino e la Madonna giovinetta, rinvenendo sul muro un affresco cinquecentesco, raffigurante la stessa scena. L’antica pittura fu restaurata dal pittore Marcello Bonomi di Bergamo. L’affresco originale era in cattive condizioni.
L’anno seguente venne eseguita la nuova decorazione interna alla chiesa, a cura del prof. G. Ferrari, anch’esso di Bergamo, in collaborazione con il pittore Aquatese Giovanni Frigerio.
1987 – L’ultimo restauro all’interno dell’edificio e al campanile, venne eseguito nel 1987.