La struttura architettonica dell’edificio, in particolare nella partitura decorativa della facciata, si mostra ancora legato alla tradizione costruttiva tardo cinquecentesca, mentre l’interno assume come propri i dettami della controriforma. La facciata è diviso in due ordini tramite un cornicione aggettante. Nella partitura inferiore la scansione spaziale è ritmata da quattro lesene, su alto zoccolo, con capitello dorico; nel riquadro centrale trova collocazione il portale, nei due spazi laterali vi sono due nicchie ad arco, un tempo impreziosite da affreschi, dei quali rimangono labili tracce. Il secondo ordine è occupato, nel mezzo, da una finestra serliana alla quale sono affiancate due nicchie, poco pronunciate, con capitelli che richiamano il capitello ionico. Un frontone con timpano triangolare termina la facciata. L’interno è ad un’unica navata terminante con abside rettangolare. Sul lato sinistro si trova il campanile a pianta quadrata, con cella campanaria provvista di quattro fornici ad arco e con copertura a cupolino.
1610 – Nel secondo decennio del XVII secolo la confraternita dei Disciplini Rossi di S. Carlo decise di edificare una propria chiesa sotto il titolo di Santissima Trinità. Entro il giugno del 1620 la fabbrica era non lontano dal completamento.
1771 – Nel 1771 la zona absidale è stata ampliata e ricostruita al fine di isolare l’altare maggiore dalla parete di fondo; in tale circostanza è stata rifatta anche la volta del presbiterio.
1789 – Nel 1789 la confraternita dei Disciplini che la gestiva subì il provvedimento di soppressione e l’edificio passò al Demanio dello Stato. L’edificio venne così adibito a scopi non religiosi, fino a diventare magazzino per granaglie. Questa destinazione fu molto distruttiva in quanto l’umidità prodotta dalle granaglie avava creato numerosi problemi alle pareti e aveva creato un luogo insalubre.
2011 – La chiesa, ritornata in possesso della diocesi di Mantova, nel 2011 subì un incisivo intervento di restauro. Vennero risanate le pareti dall’umidità di risalita, mediante realizzazione di uno scannafosso perimetrale. Venne tolto il pavimento per realizzazione di riscaldamento radiante e poi riposato pavimento in cotto. Venne rifatta la copertura con adeguata impermeabilizzazione sottocoppo. Si eseguirono tinteggiature interne ed esterne.