La chiesa dedicata ai Santi Pietro e Biagio è un edificio in stile barocco lombardo.
La facciata è a doppio ordine. Al centro si apre un portale con sovrastante lunotto; lesene e controlesene portano l’architrave e il cornicione dove poggia il timpano. Nel centro dell’ordine superiore si apre un ampio finestrone a piattabanda, riquadrato e adorno di stucchi; ai lati, tra lesene e controlesene con capitelli ionici, si trovano due nicchie con le statue di San Pietro e San Biagio. Sovrasta la facciata un grande timpano, con in mezzo un medaglione ovato contornato da foglie di palma, racchiudente in bassorilievo il Regno ornato da tre corone, sotto cui stanno le chiavi, simbolo della potestà suprema della Chiesa. Alla destra dell’edificio si erge il campanile, con un cornicione terminale in cemento modellato. L’interno si sviluppa in una unica navata, dotata di cappelle laterali, coperta a botte e conclusa da un’abside ottagonale. Vi sono tre altari il maggiore, quello dell’Ecce Homo e quello di San Biagio.
Dietro il complesso marmoreo dell’altare maggiore, si sviluppa l’ampia abside, dotata di un coro ligneo, oggi mortificato per l’asportazione di parte del coro stesso e venduto ai tempi del prevosto Giovenzana. A sinistra e a destra davanti al presbiterio, che risulta rialzato di un gradino e dotato di balaustre, vi sono due statue su mensole barocche. Quella del pilastro sinistro è San Pietro d’Alcantara, mentre la statua sull’arco destro rappresenta San Francesco d’Assisi.
Sul lato destro, rispetto alla facciata, è presente un piccolo giardino chiuso dal muro che si affaccia sulla via laterale.
1442 – Un documento conferma l’esistenza della chiesa di San Pietro e la indica come sede dei confratelli Disciplini cui era affidata la gestione dell’ospedale a cui era unita.
1591 – La confraternita dei Disciplini domanda di demolire la chiesa dell’ospedale di S. Biagio perchè troppo cadente e costosa nella manutenzione. Con autorizzazione dell’arcivescovo di Milano Gaspare Visconti, vengono demoliti la chiesa e l’ospedale a condizione che nella nuova chiesa di San Pietro venga eretta una cappella con l’invocazione a San Biagio.
1666 – Il 3 giugno 1666 viene posta la prima pietra per la costruzione della nuova chiesa, su progetto di Giovanni Paggio. Il 6 ottobre 1672 il prevosto di Melegnano, don Francesco Galli, benedice la nuova chiesa.
1711 – Viene costruito il coro in legno di noce, opera di Ambrogio Pellegrino.
1799 – Costruzione del nuovo altare dedicato all’Ecce Homo.
1847 – Si eseguono i lavori di arretramento della gradinata esterna del sagrato, per rendere più agevole il passaggio verso le vie dette Contrada delle Monache e Contrada dei Pellegrini.
1883 – Restauro ornamentale generale della chiesa per opera del pittore Borri di Milano.
1890 – Restauro della facciata della chiesa per riportarla alla sua linea architettonica primitiva.
1935 – Vennero installate le nuove campane.
1999 – Sostituzione del portone principale.
2012 – Rimozione del manto di copertura, rifacimento dell’orditura lignea secondaria e di alcuni elementi della primaria, ripristino del manto di copertura in coppi. Restauro conservativo delle facciate laterali e del campanile, con stesura finale di tinteggiatura ai silicati.