Il piccolo santuario, sorge su una chiesa del Duecento variamente ricostruita nel corso dei secoli, in particolare alla fine dell’Ottocento, quando è stato eseguito un rifacimento radicale degli interni ad opera dell’architetto Tagliaferri. Il santuario è oggi il maggior esempio di arte e architettura neogotica ottocentesca in città.
Collocato a fianco della Basilica di Santa Maria delle Grazie, non ha una vera e propria facciata e si accede sul lato sud del doppio chiostro del convento, con al centro una fontana. L’interno presenta una pianta rettangolare composta da più livelli: si accede all’aula a piano terra dal lato nord, è disposta a ferro di cavallo attorno al nucleo centrale del presbiterio, situato anch’esso sul lato nord, ed è caratterizzata da innumerevoli lesene, cornici e affrescature, e da una serie di finestre sul lato opposto a sud; L’aula inferiore, disposta come l’aula superiore attorno al presbiterio ed a cui si accede tramite scalinata, è separata dall’aula superiore da delle colonne tortili e dalla balconata in marmo; Il presbiterio, di poco rialzato dall’aula alla quota inferiore, si trova al centro di questa disposizione delle aule, ed è distinto per la presenza di un recinto in ferro, protetto da balconata con inserti marmorei e tortili realizzando una distinzione netta tra lo spaziodestinato ai fedeli e all’officiante. All’interno è presente l’altare maggiore riccamente decorato con al centro la pala d’altare che mette in risalto l’antico affresco della chiesa andata perduta della Madonna delle Grazie alla Conchiglia. Tutta la chiesa è riccamente decorata, con marmi e terrecotte, ed affrescata, in stile neogotico.
XII – L’ordine degli Umiliati nel XII secolo erano dedita alle operazioni di esazione dei tributi, per questo motivo le loro proprietà sorgevano spesso in corrispondenza delle porte urbiche, in questo caso porta S. Giovanni.
XIII – L’antica chiesa di Santa Maria di Palazzolo fu costruita, nei pressi di Porta San Giovanni verso l’inizio del Trecento, all’esterno della cortina muraria cittadina allora esistente, ove si trova l’attuale santuario di Santa Maria delle Grazie.
XIV – La piccola chiesa preesistente venne rinnovato nel corso del XIV secolo con l’erezione di una serie di volte a crociera costolonate, ampliato in pianta rispetto alla struttura originaria ed affrescato.
XVI – Frate Ludovico Barcella vi fa collocare una Natività del Quattrocento, originaria della chiesa distrutta di Santa Maria delle Grazie alla Conchiglia, che era oggetto di particolare venerazione per alcuni miracoli che le erano stati attribuiti.
1517 – Sul finire del XV secolo le cronache accennano ad una grave crisi morale che travolge alcuni esponenti umiliati: si rende così necessario l’intervento del cardinale Uberto Gambara, che nel 1517 insedia i Gerolamini nel convento con l’incarico di riformarlo.
1539 – Nel 1539 viene consacrato l’altare maggiore, dedicato a S. Maria delle Grazie dal vescovo Girolamo Vascherio.
XVII – Le pareti dell’edificio vengono impreziosite nel XVII secolo da affreschi di Tommaso Sandrino e Francesco Giugno, oggi perduti.
XVII – Nel XVII La popolazione devota alla chiesa di Santa Maria delle Grazie nominò l’edificio come chiesa della “Madonna alle cantinelle”, ad indicare le condizioni anguste in cui si trovava l’antica chiesa, descritta nella letteratura del tempo come piccola, infossata e buia.
1668 – Nel 1668 viene sciolto l’ordine dei Gerolimini dal papa Clemente IX. Tutti i beni vengono passati alla proprietà dello Stato, ma in gestione alla Compagnia di Gesù.
1856 – Nel 1856 viene realizzato l’organo dalla ditta Serassi.
1860 – Nel 1860 è registrato un intervento decorativo del pittore Giuseppe Ariassi, che esegue una Deposizione e figure di Santi.
1876 – Verso la fine del XIX secolo i resti degli affreschi originari del XIV secolo vengono staccati e portati alla Pinacoteca Tosio Martinengo per garantirne la loro conservazione.
1876 – Per valorizzare il piccolo santuario, piuttosto spoglio ed oscuro ma sempre intensamente frequentato, il Comune decide di provvedere al suo restauro, affidando l’incarico all’architetto Antonio Tagliaferri, che ne porta a compimento la realizzazione fra il 1876 e il 1897 ricorrendo all’opera di numerosi decoratori, pittori e scultori. A fine lavori viene posta una lapide a memoria di tali lavori di restauro.
1880 – Nel 1880 iniziano i lavori di restauro ad opera di Antonio Tagliaferri che trasforma l’antica S. Maria degli Umiliati di Palazzolo nel santuario di S. Maria delle Grazie.
1880 – Nel 1880 viene posizionato sul matroneo si trova un organo a canne, costruito da Giovanni Tonoli.
1899 – I lavori di ristrtturazione totale vengono completati tra il 1899 ed il 1907 con il posizionamento degli arredi progettati dallo stesso Tagliaferri.
1921 – Nel 1921 l’organo viene riformato dalla ditta Maccarinelli-Frigerio-Fusari.
2008 – Nel 2008 l’organo viene restaurato dalla ditta Inzoli.