La chiesa di Santo Stefano è un edificio con pianta a croce latina e un abside ad andamento semicircolare.
La navata centrale è caratterizzata dalla presenza di cinque cappelle per lato: entrando a destra, procedendo verso l’altare, si trovano le cappelle dedicate a S. Ambrogio Vescovo, a S. Giovanni Battista, a S. Anna, a S. Stefano Martire e a Gesù.
La cappella dedicata a S. Stefano contiene dipinti di Panfilo Nuvolone datati al 1624 mentre quella dedicata a S. Ambrogio ospita una pala attribuita a Giovan Mauro della Rovere detto il Fiammenghini. Il transetto termina con due altari dotati di balaustra in marmo: a destra, tenendo le spalle all’ingresso, si trova quello dedicato alla Madonna, a sinistra quello dedicato a S. Giuseppe. Al centro, una pedana rialzata ospita un altare e un ambone movibili in legno e, dietro a una balaustra in marmo, si trova l’antico altare maggiore.
La cupola all’incrocio tra la navata e il transetto è decorata con la rappresentazione dei quattro evangelisti e il suo tamburo presenta otto vetrate.
Ai lati si trovano due pulpiti dorati in legno. Lungo la parete destra della navata, procedendo dall’altare verso l’ingresso, si trovano le cappelle dedicate a S. Carlo Borromeo, a S. Benedetto Abate, al S. Rosario, a S. Pietro Apostolo e all’Angelo custode.
La cappella dedicata a S. Carlo ospita una pala d’altare dipinta da Giacomo Cavedone nel 1619 mentre la cappella dell’Angelo custode ricalca stucchi e fregi seicenteschi ma fu costruita solo nel 1909 nello spazio prima dedicato all’organo.
La cappella del Rosario ospita una statua lignea cinquecentesca raffigurante la Madonna.
La chiesa è dotata di vetrate policrome con raffigurazioni tratte da episodi della Bibbia e del Vangelo. Gli interni sono dotati di un ricco apparato decorativo in cui ricorrono motivi floreali, motivi a finto marmo e motivi architettonici.
La chiesa sorge innanzi a un vasto sagrato, da cui è separata da una scalinata a doppia rampa.
Al centro si trova la facciata realizzata nel 1913 dall’architetto Federico Frigrerio, caratterizzata nella porzione basamentale da un portico con volte a crociera dotato in facciata di tre aperture ad arco a tutto sesto con lesene che richiamano lo stile ionico e da una balaustra in pietra che prosegue lungo l’intera scalinata.
Superiormente, al centro, si trovano delle statue che rappresentano angeli musicanti e un bassorilievo del martirio di S. Stefano. Caratterizzata da un profilo a capanna, questa porzione centrale della facciata termina con un timpano triangolare dotato di un ricco apparato decorativo, di cornici e, superiormente, di fiaccole e di una croce metallica.
A destra e a sinistra si trovano due volumi di altezza inferiore contemporanei nella costruzione e dotati in facciata di un oculo, di lesene e, superiormente, di un obelisco.
La porzione di sinistra è tuttavia parzialmente coperta dall’abside dell’antica chiesa risalente al XII secolo, caratterizzata da una muratura in laterizi e pietra a vista e da monofore con profilo a tutto sesto.
XII – L’antica chiesa prepositurale risale al 1100 circa.
1574 – Nel 1574 S. Carlo Borromeo diede l’ordine di demolire la struttura esistente perché troppo piccola e di costruirne una nuova sulla stessa area. L’incarico venne affidato all’architetto Pellegrini Tibaldi che accorpò le vicine chiese di S. Stefano, di S. Antonino e S. Giovanni Battista.
1605 – Nel 1605 venne costruito il battistero ottagonale.
1760 – Nel 1743 un fulmine rese pericolante il campanile che nel 1750 fu abbattuto e ricostruito tra il 1760 e il 1766. Fu dotato nel 1878 di quattro quadranti di orologio realizzati da Cesare Fontana.
1813 – Nel 1813 Gerolamo Spinedi decorò a stucchi la navata centrale.
1847 – Il coro venne ornato con una vetrata a colori realizzata da Guido Bertini nel 1847.
1883 – Nel 1883 si rese necessario un ampliamento che si concluse nel 1894. Dell’antica chiesa rimase solo l’abside; si procedette con il capovolgimento della facciata principale da est a ovest, l’aggiunta delle due navate laterali e la costruzione della cupola alta 33 metri.
1890 – Tra il 1890 e io 1895 si realizzarono gli stucchi e gli affreschi nel transetto.
1909 – Nel 1909 si realizzò la cappella dell’angelo custode nello spazio prima dedicato all’organo.
1913 – Nel 1913 l’architetto Federico Frigerio seguì la costruzione della facciata, da lui progettata già nel 1897.
1936 – Nel 1936 venne restaurato l’antico altare maggiore, forse attribuibile al noto intarsiatore Giovanni Quadrio.
1983 – Nel 1983 si restaurò la cupola.
1987 – Durante il 1987 si restaurarono molteplici opere conservate nella chiesa, tra cui la statua lignea cinquecentesca rappresentante la Madonna. Nello stessa campagna di restauro si operò anche sulla struttura dell’edificio.
1995 – Tra il 1995 e il 2000 vennero eseguiti a più fasi restauri delle opere interne, dell’altare e della copertura.