La chiesa di S. Imerio a Varese presenta una pianta ad aula unica rettangolare con abside rettangolare. Entrando a destra, vicino all’area presbiteriale, si trova una cappella a pianta rettangolare con un affresco datato agli inizi del XVI secolo che raffigura la Madonna con il Bambino, in origine situata su un pilastro dell’antico portico esterno ormai scomparso e per questo denominata “Madonna del Pilastrello”. Ai lati le figure dei Santi Imerio e Antonio e in sommità due figure angeliche. Sulla volta a botte è raffigurata l’Assunzione della Madonna mentre sulle superfici ai lati dell’arco di accesso alla cappella si trovano affreschi raffiguranti paesaggi e il simbolo del sole. Tenendo le spalle all’ingresso, sulla sinistra si trova una cappella speculare alla prima. Essa ospita un affresco che simula un altare in pietra e, al centro, la raffigurazione della Trinità. Ai lati dell’arco si trova, a sinistra, la figura di S. Giuseppe con Gesù Bambino e, a destra, Gesù con un agnello. L’area presbiteriale, separata dall’aula da tre gradini in pietra, ospita un sarcofago datato al XII secolo che raffigura i Santi Imerio e Gemolo; ritrovato all’interno della struttura nel 1928 è utilizzato oggigiorno come altare. Sulla parete di fondo un affresco raffigura al centro la Crocifissione con Maria, San Giovanni e la Maddalena ai piedi della croce. Ai lati si trovano S. Michele Arcangelo, a sinistra, e un profeta, a destra. Nelle altre pareti si intravedono numerose figure affrescate poco riconoscibili, mentre nelle vele della volta si trova una rara rappresentazione di Dio Padre in mandorla insieme ai Dottori della chiesa. Procedendo dall’altare verso l’ingresso, sulla destra si trova una cappella a pianta rettangolare che ospita le reliquie di S. Imerio. L’aula presenta una copertura in legno sostenuta da due capriate in legno dotate di mensole. Le superfici sono intonacate ma alcune porzioni mostrano la muratura storica in ciottoli e pietre. La volta che precede il presbiterio è decorata a finti lacunari, con festoni e decorazioni floreali nei pennacchi. Nella porzione terminale dell’aula e nelle cappelle l’apparato decorativo propone affreschi con motivi architettonici, tra cui la finta zoccolatura basamentale, una finta finestra e una finta cornice lapidea intorno a una porta. I colori principali ruotano intorno alle tonalità del giallo e del rosa. L’area presbiteriale è illuminata da una vetrata, così come le due cappelle laterali. La parete entrando a destra ospita tre finestrelle strombate di forma rettangolare, aventi il lato superiore curvilineo. Un’ulteriore vetrata collocata in corrispondenza della facciata permette l’ingresso della luce naturale.
La chiesa si affaccia su un piccolo sagrato ed è caratterizzata da una facciata a capanna. Al centro si trovano un portale di accesso e un’apertura sommitale che illumina la navata interna. Entrambi gli elementi hanno una forma rettangolare il cui lato superiore presenta un andamento leggermente curvilineo. Opere di restauro condotte negli anni ’80 del XX secolo hanno conferito agli esterni della chiesa l’aspetto che presentano oggigiorno. Un intonaco di colore giallo chiaro riveste in parte la facciata principale, lasciando tuttavia visibili alcune porzioni della muratura originaria realizzata in pietra. La parte basamentale presenta una zoccolatura in pietra di altezza limitata.
XI – La chiesa di S. Imerio fu costruita nel XI secolo nel luogo di una preesistente cappella intitolata a S. Michele Arcangelo.
XV – Al XV secolo risalgono la maggior parte degli affreschi interni.
XVI – La zona presbiteriale fu ampliata nel XVI secolo. Dell’edificio romanico rimane la parete meridionale, scoperta negli anni ’30 del XX secolo a seguito della demolizione di un edificio adiacente.
1928 – Tra il 1928 e il 1929 la chiesa ha subito una campagna di restauro che ha mirato a uniformare l’edificio e mascherare le sue varie fasi costruttive. In questo periodo è stato rinvenuto una sarcofago in pietra scolpito risalente a XI secolo, oggi utilizzato come altare e ritenuto essere il sarcofago dello stesso S. Imerio.
1970 – Negli anni ’70 del XX secolo si operò un rifacimento della copertura.
1980 – Nel 1980 è stato condotto un restauro della chiesa.
1993 – Nel 1993 si realizzò il sagrato della chiesa.
2016 – Dal 2016 al 2018 si è svolta una campagna di restauro degli affreschi interni.