Edificio a pianta longitudinale, scandito in tre navate, con abside quadrangolare estradossata.
La chiesa è preceduta da un piccolo protiro, retto da colonne e coperta da una colta a crociera.
Il corpo principale è coperto da volte in muratura, in parte a botte a semplice ed, in parte lunettate.
Le pareti interne sono intonacate e decorate con finiture, probabilmente, a secco. I muri perimetrali esterni sono anch’essi intonacata.
1435 – Come ricorda una lapide affissa sul fianco destro dell’edificio, la chiesa di S. Maria e S. Antonio a Cassinetta di Lugagnano venne costruita attorno al 1435, per volontà di Maffiolo Birago, nobile milanese, la cui famiglia aveva diverse proprietà nell’area.
XVII – La chiesa venne ricostruita, nelle forme attuali, probabilmente a metà del XVII secolo, come dimostra un testamento dell’epoca e come conferma una visita pastorale del 1760, che presenta una chiesa del tutto diversa da quella descritta nei documenti del XVI secolo.
1808 – Fra il 1808 ed il 1833 vennero realizzati o messi in opera gli altari.
Nel 1808, il parroco della chiesa cassinettese, per ornare il presbiterio, acquistò inoltre un antico altare ed una pala dalla chiesa milanese di San Paolo in Compito. Il medesimo altare venne poi restaurato e ridorato nel 1879.
Nel 1826 e nel 1833 vennero invece realizzati l’altare del Crocefisso e l’altare di San’Antonio Abate.
1971 – Fra il 1971 ed il 1977 la chiesa è stata oggetto di diversi interventi di restauro, che hanno compreso: l’istallazione dell’impianto di riscaldamento a pavimento e conseguente rifacimento del piano pavimentale, la sistemazione delle coperture, il rifacimento degli intonaci e la ristrutturazione della cella campanaria.
2018 – Nel corso del 2018 gli intonaci dell’aula e delle volte sono stati oggetto di un delicato intervento di restauro (pulitura degli intonaci e degli apparati decorativi).