La chiesa si presenta orientata con un impianto ellittico a unica navata con ampio presbiterio e due cappelle per lato. Internamente le pareti sono scandite da ventisei lesene scanalate con capitello di ordine composito chiuse da una trabeazione ininterrotta su cui si posa l’ampia volta con unghie in parte vetrate che illuminano lo spazio interno. Ogni lato dell’aula ha due cappelle ad esedra, sottolineate da archi a tutto sesto e da paraste in stucco scanalate e due nicchie sormontate da coretti concluse da arco a tutto sesto. Anche la zona absidale ripropone un impianto ellittico anticipato da un breve presbiterio. Esternamente la facciata principale è in laterizio a vista. Ha andamento mistilineo in pianta con un andamento convesso nella parte centrale e si presenta organizzata su due ordini conclusi da un frontone ricurvo: l’ordine inferiore ripartito da cinque lesene piatte con pseudo capitello dorico e caratterizzato da nicchie vuote ai lati dell’unico portale trabeato di accesso; quello superiore con aperture finestrate con cornici mistilinee. Il campanile a vela è posizionato in prossimità della zona absidale su lato destro, visibile solo dal cortile di servizio retrostante la chiesa. I prospetti del campanile sono interamente intonacati e decorati con lesene doriche angolari.
1594 – La congregazione dei Crociferi, fondata da Camillo de Lellis per assistere agli ammalati e agli infermi negli ospedali, arrivò a Milano nel 1594, per volontà di Gaspare Visconti, ma non ebbe sede propria fino al 1632, quando si trasferirono in una casa nella attuale via Durini che trasformarono in convento con annessa una piccola chiesa.
1694 – Il 21 settembre del 1694 fu posta la prima pietra della nuova chiesa, il cui progettista potrebbe essere l’ingegnere milanese Giovan Battista Quadrio con la collaborazione di Carlo Federico Pietrasanta, suo allievo dal 1684 al 1686. Dopo una prima interruzione dovuta alla morte del padre generale Del Giudice i lavori di costruzione ripresero nel 1709.
1712 – Nel maggio del 1712 i lavori per la facciata non erano ancora stati iniziati. Essa tuttavia rimase incompiuta e si presenta a tutt’oggi in laterizio a vista.
1713 – Nel 1713 fu costruito l’altare maggiore in marmi, a cui furono anteposte le balaustre realizzate da Giuseppe Buzzi nel 1724. Due anni dopo fu posta l’ancona marmorea in cui venne collocato un dipinto cinquecentesco, copia parziale della Madonna del baldacchino di Raffaello.
1717 – Fu intrapresa la decorazione della volta maggiore dal milanese Pietro Maggi. Due anni dopo crollò la copertura, che venne riparata solo nel 1728.
1730 – Furono intrapresi lavori per il completamento delle quattro cappelle laterali. In particolare nel 1742, in occasione della beatificazione del loro fondatore, i Crociferi completarono la cappella dedicata a san Camillo de Lellis, ornandola con un prezioso altare in marmi e bronzi dorati sul quale è un dipinto raffigurante il santo in adorazione. Negli stessi anni i padri costruirono il convento che fu trasformato in abitazione dopo la soppressione dell’ordine (1799).
1787 – La chiesa divenne parrocchia e rimase tale fino al 1805, quando diventò sussidiaria della chiesa di Santo Stefano.
1840 – Interventi di rifacimento interno ad opera di Giacomo Tazzini.
1885 – Nella prima metà del Novecento la chiesa attraversò un periodo di degrado, rimanendo sovente chiusa al culto per inagibilità.
1994 – Fu intrapreso un intervento di restauro complessivo dell’architettura che permise, nell’autunno del 1996, la riapertura al culto.
2004 – Restauro edicola votiva situata esternamente alla chiesa.