Il complesso architettonico è anticipato dal Cortile delle Elemosina, struttura architettonica rettangolare dotata di porticati a triplice fornice a tutto sesto e, attraversato un grande arco, dal Cortile d’Onore, dal quale si può accedere ai resti della Corte rustica (a sinistra) e all’antico Chiostro della Foresteria maschile (a destra).
Dal chiostro si possono poi raggiungere gli originari spazi monastici del Refettorio, del Claustro parvo e della Sala Capitolare.
Sul Cortile d’Onore prospetta anche la facciata della chiesa che, secondo la tradizione edilizia certosina, presenta un impianto a navata unica con pianta taumata capovolta, che si conclude con un presbiterio absidato coronato centralmente da un a volta ad ombrello impostata su un tamburo quadrangolare e contenuta in un tiburio ottagonale.
La facciata principale presenta una suddivisione in tre ordini architettonici sovrapposti, raccordati da volute.
Al centro del primo ordine, scandito in cinque scoparti da paraste binate di ordine corinzio, si trova il piccolo protiro di ingresso: un timpano curvilineo spezzato sorretto da due colonne corinzie nel quale è inserito un altorilievo in marmo di Candoglia raffigurante il riposo della Sacra Famiglia durante il viaggio verso l’Egitto con l’Agnus Dei.
Ai fianchi del protiro due nicchie ospitano le sculture raffiguranti Sant’Ugo Vescovo di Lincoln e San Bruno. Lateralmente, sui timpani spezzati delle finestre rettangolari sono inseriti i busti di Giovanni e Luchino Visconti, considerati il primo ed il secondo fondatore della certosa milanese.
Il secondo ordine della facciata, al centro della quale si apre una finestra a serliana, è separato dall’ordine inferiore tramite una fascia decorativa a dentelli, ripresa nelle pareti del Cortile d’Onore.
Ai lati della serliana sempre separate da paraste binate di ordine composito sono conservate le statue in marmo di Candoglia raffiguranti San Carlo Borromeo e Sant’Ambrogio in nicchie semicircolari timpanate.
All’estremità della facciata due piramidi in pietra, concludono il secondo ordine.
Superiormente il terzo ordine è dominato dalla presenza di un altorilievo in pietra rossa d’Angera raffigurante Maria Maddalena portata in cielo dagli angeli.
Conclude la facciata un timpano triangolare sormontato da sculture in marmo di Candoglia raffiguranti la Madonna e due angeli e contenente un timpano mistilineo in pietra d’Angera.
Internamente, superato l’ingresso, due ampie cappelle dedicate a destra all’Annunciazione e a sinistra a san Brunone, costituiscono planimetricamente le braccia della croce e da questi si può accedere a numerosi ambienti, tra cui sul lato destro alla cappella feriale, ambienti un tempo impiegati per le celebrazioni eucaristiche dei singoli monaci.
La spazialità della navata unica della chiesa è scandita dalla sequenza ritmica di lesene maggiori di ordine composito che reggono un cornicione e inquadrano lesene doriche a reggere tre arcate tamponate per lato.
Le pareti sono decorate dagli affreschi di Daniele Crespi, rappresentanti alcune scene della vita di San Bruno, figure di Santi e monaci insigni dell’ordine ed alcune figure allegoriche.
A Daniele Crespi si deve anche la decorazione pittorica della volta a botte a riquadri geometrici.
Rialzata dalla navata attraverso due gradini, la zona presbiteriale è ornata dagli affreschi di Simone Peterzano e risulta separata dalla navata tramite una balaustra artistica seicentesca e un cancello in ferro battuto.
Al centro del presbiterio un semplice tavolo ligneo funge da mensa eucaristica.
Dietro ad esso si trova l’altare marmoreo con tempietto a esili colonne e cupola intarsiata realizzato nella prima metà del XX secolo recuperando parte della precedente struttura.
Prima dei gradini del presbiterio a sinistra si ha accesso alla sacrestia e a destra alla sala capitolare che conserva un’antica decorazione cinquecentesca raffigurante san Michele arcangelo in un contesto di finta architettura prospettica.
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