XII – La chiesa con il titolo di S. Martino in Malnate è attestata in un documento del 1164. Essa è poi rilevata dal ‘Liber Notitiae Sanctorum Mediolani’, repertorio di chiese ed altari della diocesi di Milano compilato da G. Da Bussero tra la fine del XIII e l’inizio del XIV sec..
1569 – Nel 1569 la chiesa, secondo una descrizione redatta da Leonetto Clivone, delegato dell’arcivescovo Carlo Borromeo, risultava ad una navata, con altare maggiore e due altari minori, dedicati a S. Fermo e S. Maria, ingresso ad ovest, trifora in facciata, fonte battesimale, campanile e sacrestia; aveva un muro di cinta ed era circondata su tre lati dal cimitero.
XVII – La chiesa fu ampliata in fasi successive tra la seconda metà del XVII sec. (costruzione delle due navate minori, con cappelle laterali) ed il XVIII (cappella del Rosario); nel 1819 fu posato l’altare maggiore in marmi policromi, proveniente da Como, in sostituzione del precedente altare ligneo.
1912 – All’ampliamento realizzato nel 1912 si deve l’aspetto attuale della chiesa, su disegni di don Enrico Locatelli, parroco di Vergiate. I lavori riguardarono la costruzione del transetto, dell’area presbiteriale e degli spazi adiacenti, trasformando l’orientamento dell’edificio. Con un grande sforzo della comunità malnatese la chiesa fu completata in circa un anno e benedetta alla fine di dicembre 1912. A quella data l’edificio era agibile ma alcuni lavori furono conclusi nel 1913.
1924 – La facciata fu costruita tra il 1924 ed il 1927, su disegni dell’architetto Gaetano Brusa di Malnate.

1932 – Nel 1932 si realizzò il restauro della navata centrale, con soffitto a cassettoni del XVI sec.
1950 – Nel 1956 fu completato il nuovo campanile, in sostituzione del precedente, demolito nel 1948.
2009 – Il campanile è stato restaurato nel 2010 circa dopo il distaccamento di una parte della copertura.

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