Il primo nucleo della chiesa parrocchiale risale al Medioevo (1200 c.a.) ed inizialmente era orientata in modo opposto all’attuale, con l’abside ad est e l’entrata ad ovest.
Le prime ristrutturazioni furono commissionate dal cardinale Carlo Borromeo e dal successore Federico Borromeo verso la fine del Cinquecento, mentre la grande crescita demografica conosciuta nella seconda metà del XVII sec. rese necessario un ampliamento radicale della struttura, che portò all’abbattimento delle mura perimetrali e all’aggiunta delle navate laterali.
Nel 1819 venne sostituito il vecchio altare ligneo con uno acquistato da una chiesa sconsacrata di Como. Nel 1912 venne definitivamente ampliata e assunse l’odierna conformazione con il rovesciamento della disposizione interna e solo dopo la prima guerra mondiale vennero conclusi i lavori con la costruzione della nuova facciata.
Nel piazzale antistante la nuova entrata si trovava il vecchio campanile che nel 1948, con l’arrivo del nuovo Prevosto don Giuseppe Bosetti, si decise di abbattere, senza tener conto della tradizione e della storia legata ad esso.
Nel 1956 venne inaugurato il nuovo campanile, il secondo più alto della zona dopo quello della chiesa di San Vittore di Varese[18], recentemente restaurato dopo il distaccamento di una parte della copertura in mattoni.
Il 14 settembre 2012 è stata inaugurata una Via Crucis in terracotta dello scultore Felice Mina posizionata sulla parete centrale del transetto alla sinistra della Cappella del Sacro Cuore.
XII – La chiesa con il titolo di S. Martino in Malnate è attestata in un documento del 1164. Essa è poi rilevata dal ‘Liber Notitiae Sanctorum Mediolani’, repertorio di chiese ed altari della diocesi di Milano compilato da G. Da Bussero tra la fine del XIII e l’inizio del XIV sec..
1569 – Nel 1569 la chiesa, secondo una descrizione redatta da Leonetto Clivone, delegato dell’arcivescovo Carlo Borromeo, risultava ad una navata, con altare maggiore e due altari minori, dedicati a S. Fermo e S. Maria, ingresso ad ovest, trifora in facciata, fonte battesimale, campanile e sacrestia; aveva un muro di cinta ed era circondata su tre lati dal cimitero.
XVII – La chiesa fu ampliata in fasi successive tra la seconda metà del XVII sec. (costruzione delle due navate minori, con cappelle laterali) ed il XVIII (cappella del Rosario); nel 1819 fu posato l’altare maggiore in marmi policromi, proveniente da Como, in sostituzione del precedente altare ligneo.
1912 – All’ampliamento realizzato nel 1912 si deve l’aspetto attuale della chiesa, su disegni di don Enrico Locatelli, parroco di Vergiate. I lavori riguardarono la costruzione del transetto, dell’area presbiteriale e degli spazi adiacenti, trasformando l’orientamento dell’edificio. Con un grande sforzo della comunità malnatese la chiesa fu completata in circa un anno e benedetta alla fine di dicembre 1912. A quella data l’edificio era agibile ma alcuni lavori furono conclusi nel 1913.
1924 – La facciata fu costruita tra il 1924 ed il 1927, su disegni dell’architetto Gaetano Brusa di Malnate.
1932 – Nel 1932 si realizzò il restauro della navata centrale, con soffitto a cassettoni del XVI sec.
1950 – Nel 1956 fu completato il nuovo campanile, in sostituzione del precedente, demolito nel 1948.
2009 – Il campanile è stato restaurato nel 2010 circa dopo il distaccamento di una parte della copertura.