La chiesa prepositurale di S. Martino si trova ai margini del centro storico di Malnate, al limitare del terrazzamento verso la valle del fiume Olona.
Le sue origini risalgono almeno al medioevo, essa infatti è citata nelle fonti dal XII sec. ed inizialmente era orientata con l’abside ad est. L’aspetto attuale dell’edificio deriva sostanzialmente dal rilevante ampliamento realizzato nel 1912, con il quale alle navate del XVII-XVIII sec. furono aggiunti il vasto transetto, il nuovo presbiterio e gli spazi adiacenti, su disegni di don Enrico Locatelli, parroco di Vergiate.
La nuova ed elaborata facciata, preceduta dal sagrato e costruita tra il 1924 ed il 1927, su disegni dell’architetto Gaetano Brusa di Malnate, presenta un basamento su cui poggiano le alte colonne binate ai lati del portale centrale modanato, sovrastato dalla cimasa e dalla vetrata raffigurante il santo titolare, e dal timpano con fastigio. Vi sono due portali secondari anch’essi modanati e sovrastati da aperture circolari, e due lesene con nicchie su ogni lato.
L’interno della chiesa è a tre navate, con transetto, presbiterio rialzato, copertura realizzata mediante un sistema di volte con cassettoni lignei, poggianti su colonne e pilastri, a cupola all’incrocio tra navate e transetto, a crociera sulle navate laterali. A sud e nord delle navate si aprono le cappelle laterali, realizzate nei sec. XVII e XVIII, rialzate tramite un gradino e delimitate da balaustre.
La chiesa è arricchita dalla pregevole decorazione interna, lignea, scultorea, pittorica, a stucco, pertinente a momenti cronologici differenti, in prevalenza riferibile ai sec. XVI-XVIII ed ai primi decenni del XX.
Entrando nella chiesa dall’ingresso principale, percorrendo la navata sinistra si susseguono le cappelle di S. Francesco, con dipinto risalente alla fine del XVII sec., di S. Anna, di S. Giuseppe, di S. Agata; nel transetto si trovano al capocroce sinistro l’altare del Crocefisso, e di fronte la cappella del Sacro Cuore, decorata su progetto di Gaetano Brusa (1931).
Nella navata destra, tornando verso l’ingresso principale, si aprono la cappella del fonte battesimale, con affresco della fine del XVII sec. raffigurante il Battesimo di Gesù, la cappella di S. Rita, la cappella della Madonna del Rosario, con copertura a cupola affrescata e prezioso altare in marmi policromi con statua della Vergine (XVII sec.), e dipinti di santi, la cappella di S. Antonio, con statua in stucchi policromi del XVII sec. Tra gli archi della navata centrale, vi sono affreschi del verbanese Baldassarre Verazzi raffiguranti i Dottori della chiesa (XIX sec.).
Il presbiterio rialzato ospita l’altare maggiore del XIX sec. in marmi policromi, e la moderna mensa d’altare collocata su una pedana in posizione avanzata e rivolta verso l’assemblea, coerentemente con i principi post-conciliari.
Notevoli gli elementi lignei, il pulpito, il coro, la balconata per organo, i cassettoni dei soffitti.
La decorazione pittorica nel tiburio è stata realizzata da Francesco Rossi di Milano e da Luigi Valtorta (1915), al quale si devono anche i dipinti nel presbiterio e nel coro (1923). Le numerose vetrate policrome sono state realizzate negli anni ‘30 del XX sec. ad opera della ditta Forni di Milano e di Giuseppe Giusti di Sesto S.Giovanni.
XII – La chiesa con il titolo di S. Martino in Malnate è attestata in un documento del 1164. Essa è poi rilevata dal ‘Liber Notitiae Sanctorum Mediolani’, repertorio di chiese ed altari della diocesi di Milano compilato da G. Da Bussero tra la fine del XIII e l’inizio del XIV sec..
1569 – Nel 1569 la chiesa, secondo una descrizione redatta da Leonetto Clivone, delegato dell’arcivescovo Carlo Borromeo, risultava ad una navata, con altare maggiore e due altari minori, dedicati a S. Fermo e S. Maria, ingresso ad ovest, trifora in facciata, fonte battesimale, campanile e sacrestia; aveva un muro di cinta ed era circondata su tre lati dal cimitero.
XVII – La chiesa fu ampliata in fasi successive tra la seconda metà del XVII sec. (costruzione delle due navate minori, con cappelle laterali) ed il XVIII (cappella del Rosario); nel 1819 fu posato l’altare maggiore in marmi policromi, proveniente da Como, in sostituzione del precedente altare ligneo.
1912 – All’ampliamento realizzato nel 1912 si deve l’aspetto attuale della chiesa, su disegni di don Enrico Locatelli, parroco di Vergiate. I lavori riguardarono la costruzione del transetto, dell’area presbiteriale e degli spazi adiacenti, trasformando l’orientamento dell’edificio. Con un grande sforzo della comunità malnatese la chiesa fu completata in circa un anno e benedetta alla fine di dicembre 1912. A quella data l’edificio era agibile ma alcuni lavori furono conclusi nel 1913.
1924 – La facciata fu costruita tra il 1924 ed il 1927, su disegni dell’architetto Gaetano Brusa di Malnate.
1932 – Nel 1932 si realizzò il restauro della navata centrale, con soffitto a cassettoni del XVI sec.
1950 – Nel 1956 fu completato il nuovo campanile, in sostituzione del precedente, demolito nel 1948.
2009 – Il campanile è stato restaurato nel 2010 circa dopo il distaccamento di una parte della copertura.