La chiesa, correttamente orientata, si presenta ad impianto basilicale a tre navate con cappelle laterali sul lato meridionale, transetto e profondo coro a conclusione poligonale.
L’andamento a salienti della facciata in laterizi a vista – esito di un intervento di restauro stilistico ottocentesco – sottolinea la partizione interna a tre navate anche con imponenti paraste di cui le due centrali con terminazione ad edicola in analogia con la terminazione della cuspide.
Accanto al laterizio e agli elementi in cotto delle ghiere delle finestre, dei tre rosoni e degli archetti pensili sul cornicione, nel primo ordine è presente il materiale lapideo sia come rivestimento delle paraste, sia nel portale centrale ogivale fortemente strombato con fasci di colonnine finemente lavorate.
Una fascia marmorea orizzontale determina inoltre una chiara ripartizione della facciata: inferiormente i tre portali, superiormente il paramento laterizio interrotto dai rosoni e da bifore in cotto a lato del rosone centrale, al di sotto del quale in una edicola tripartita sono conservate sculture trecentesche di santi.
Il fianco meridionale è invece caratterizzato dagli andamenti irregolari delle cappelle laterali esternamente intonacate e si conclude con la testata del transetto destro in laterizio a vista.
Internamente la chiesa si presenta a tre navate divise da pilastri intonacati e decorate con stucchi bianchi e dorati.
Nella navata destra si aprono cappelle laterali in quella di sinistra si conservano interessanti decorazioni parietali tra cui: Adorazione dei Magi, ambito di Carlo Urbino (seconda campata sinistra); Madonna con il Bambino e San Giovannino (terza campata); Battesimo di Cristo di Aurelio Luini (quinta campata sinistra); oltre a quadrature attribuite ad Andrea Porta (secondo altare di sinistra) e Francesco Porro (quadratura del terzo e sesto altare di sinistra).
Nel transetto meridionale sono presenti elementi decorativi e scultori tra i più antichi della chiesa, oltre alla cappella del campanile con cicli pittorici duecenteschi.
Nel profondo presbiterio sono conservate importanti opere: nella prima campata alle pareti due grandi teleri “La disputa fra Agostino e Ambrogio e la conversione di Sant’Agostino” di Cerano (a destra) e “L’Abiura e il Battesimo di Agostino” di Procaccini (a sinistra); le volte seicentesche e il relativo ciclo pittorico è opera di Bartolomeo Roverio detto il Genovesino come pure le grandi tele dell’abside.
Ai lati del presbiterio si sviluppano ulteriori cappelle: a sinistra la cappella di san Carlo e poi quella del Crocifisso; a destra la cappella di S. Agostino e l’antica cappella di Sant’Orsola.
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