La chiesa dedicata a S. Giuseppe è posta sul colle di Garbagnate Rota e si accede attraverso una scalinata di 63 gradini che arriva al sagrato, oppure da altri due vicoli laterali di cui uno anche carrabile.
Il sagrato venne concepito come un grande balcone che si affaccia verso il lago di Pusiano e i monti lariani circostanti.
L’edificio è orientato con l’abside presbiteriale a est. La facciata principale, in stile barocco lombardo, è rivestita in parte da granito, in parte presenta ampie campiture intonacate, impreziosite da nicchie ora vuote.
La copertura a doppia falda, con coppi in cotto, forma insieme alla facciata un timpano sommitale di tutto rispetto.
All’interno troviamo 5 cappelle laterali.
L’altare maggiore barocco, risalente al 1666, fu modificato nel 1808 con la sostituzione delle sculture lapidee laterali, raffiguranti due angeli.
Nel 1934, a causa di un incidente, venne riparata anche la lastra della mensa.
Le superfici interne delle volte e di alcune pareti sono affrescate con un ciclo novecentesco realizzato dai proff. N. Nespoli e M. Cornali, durante l’insediamento di don Giuseppe Parravicini.
1645 – Nel 1645, il nuovo parroco Don Giuseppe Gerardo Carminati, spinto dalle parole del Cardinale C. Monti, diede inizio alla costruzione della chiesa. L’ultimazione risale al 1650, come documentato dalla date incise sullo zoccolo in pietra collocato in facciata. Solo nel 1667, grazie a aiuti economici elargiti allo scopo, lo stesso parroco riuscì a decorare l’interno della chiesa con marmi e ornamenti in stile. in quegli anni la nuova parrocchiale possedeva già un piccolo campanile. La primitiva chiesa, eretta nel 1637 per la Cappellania jus patronato, fu trasformata in casa parrocchiale nel 1954 dallo stesso parroco Carminati. Tutt’ora detiene questa destinazione.
1743 – Dagli atti della Visita Pastorale del Card. Ferrari si evince che il piccolo campanile venne sostituito dall’attuale, nel 1743, restaurato poi nel 1934 per risolvere alcune problematiche dovute ad un cedimento strutturale verso la chiesa.
1925 – Dopo due secoli e mezzo, all’inizio del ‘900, con Don Giuseppe Parravicini, si consolidò la volta a botte della navata centrale che presentava lesioni a causa dei tiranti lignei degradati. Anche la parete perimetrale dell’abside presbiteriale fu consolidata tramite contrafforti esagonali. Ultimati gli interventi di tipo strutturale, il parroco incaricò il pittore bergamasco Nino Nespoli, con l’allievo Mario Cornali, per affrescare le pareti e le volte interne della parrocchiale. Il risultato di questa opera è ancora apprezzabile oggi. In aggiunta a questi dipinti, lo stesso parroco, fece rivestire le paraste della navata centrale con marmo Serpentino, proveniente da un grosso trovante collocato da tempo remoto nel cortile delle scuole comunali, distanti dalla chiesa solo qualche metro. A coronamento di questo impegnativo intervento novecentesco troviamo anche gli stucchi eseguiti dal maestro Giuseppe Cerioli di Como.
1997 – Nel 1997 venne installato un nuovo impianto di riscaldamento a pavimento, in sostituzione dell’esistente ad aria, modificando integralmente anche la pavimentazione risalente al 1918.