L’interno della chiesa presenta una sola navata. Vicino all’altare, sulla destra, si trova la statua della Beata Vergine di Fatima sostenuta da una struttura metallica che ricorda un leccio, albero su cui la Madonna apparve ai pastorelli. L’altare, in legno di leccio, ha la forma di una tau, forma francescana per indicare la croce e il sacrificio di Gesù. L’ambone, è sostenuto da un ottagono, simbolo della creazione, sovrapposto ad un cerchio che indica la centralità di Cristo e del battesimo. Dietro l’altare, al centro della parete, è presente l’icona della Trasfigurazione, opera della comunità di Bose.
1967 – La costruzione della chiesa nacque dal pensiero del Card. Giovanni Battista Montini, nel corso di una delle ultime visite pastorali nella chiesa parrocchiale, attorno agli anni ’60. L’edificio di culto venne dedicato alla Madonna di Fatima, proprio perché ideata e pensata nel 1967, anno del cinquantesimo anniversario dell’apparizione a Fatima della Vergine ai tre pastorelli.
Il Cardinale Montini, visitando Civate, suggerì al parroco di allora, don Secondo Marelli, di costruire la chiesa in una nuova zona del paese, che stava crescendo in seguito a una forte urbanizzazione. Intorno agli anni ’70 venne costruita e portata a termine la struttura esterna. I lavori interni, però, non furono ultimati e la chiesa restò incompleta per diversi anni.
1998 – Nel 1998 il parroco don Mario Longo decise di riprendere i lavori e nel giro di poco tempo la chiesa venne terminata in tutte le sue parti.