Osservando la pianta dell’edificio si nota la perfetta simmetria della costruzione architettonica, puntualmente ricercata dal Card. Carlo Borromeo: ad unica navata, conclusa dall’abside ad emiciclo, è completata sui due lati da tre cappelle laterali, di cui alle due centrali è stata attribuita maggiore importanza sfondandole ed innalzando l’arco d’accesso all’altezza del cornicione decorato.
Dal presbiterio è possibile accedere alla sacrestia, grande ambiente quadrangolare voltato e affrescato nel 1766 ca. da Carlo Galbiate: nella volta, in una cornice a forma di croce, è raffigurato S. Giovanni Evangelista nella visione dell’Apocalisse.
A destra del presbiterio è possibile, invece, accedere alla torre campanaria. In seguito all’intervento di adeguamento alle norme liturgiche, il fonte battesimale, prima collocato nell’ambiente a sinistra dell’ingresso, dove tutt’oggi ne è chiaramente visibile la traccia, è stato trasportato nella zona del presbiterio a destra dell’altare.
Le cappelle laterali, dedicate rispettivamente a S. Giuseppe, Madonna del Carmine e S. Vittore a sinistra e a S. Caterina, S. Ambrogio e S. Francesco a destra, sono arricchite da pale d’altare realizzate tra il Seicento ed il Settecento da pittori lombardi e concernenti la vita o particolari attributi del santo a cui la cappella è dedicata.
Cenno particolare meritano gli affreschi ritrovati nel corso del XIX secolo, testimonianza dell’aspetto rinascimentale della chiesa di S. Giovanni Evangelista, rimasti intatti poiché, volendo innalzare i muri perimetrali dell’edificio nel corso dei restauri settecenteschi, si rese necessario ispessire i muri portanti, gli affreschi vennero così occultati dal paramento murario settecentesco addossato a quello originale.
All’edificio di culto vero e proprio, risultano addossati tre corpi di fabbrica: a sinistra della facciata principale è la così detta Chiesa Vecchia (dedicata in origine a S. Giovanni ed esistente già nel IX sec.), edificio a pianta quadrangolare, che ospitava un altare ed il fonte battesimale; l’ingresso avveniva tramite una porta che oggi risulta perpendicolare alla facciata principale della chiesa di S. Giovanni Evangelista.
Ridotto in lunghezza nel corso del XVIII secolo per lasciare più spazio alla casa parrocchiale, oggi l’edificio è collegato direttamente alla chiesa principale, grazie ad un’apertura che conduce all’interno della prima campata.
A destra del presbiterio un corridoio conduce all’Ossario, che, contrariamente alle intenzioni iniziali, non è stato mai sfruttato come tale.
Ambiente di forma quadrangolare voltato, edificato alla fine del Settecento, viene utilizzato oggi come cappella.
Ultimi corpi di fabbrica aggiunti all’edificio principale, in ordine temporale, sono gli ambienti di servizio a cui si accede dalla sacrestia, dove hanno trovato posto un bagno e l’Archivio parrocchiale.
Esternamente la chiesa di S. Giovanni Evangelista si presenta nel suo aspetto Settecentesco; a seguito dei lavori di ristrutturazione e abbellimento attuati durante il mandato del parroco Monticelli, è stata, infatti, volutamente occultata ogni traccia dell’edificio medievale, seguendo i nuovi parametri di decoro diffusi negli ambienti culturali del tempo.
Alla chiesa si accede attraverso un portico a tre archi, che insiste sulla facciata principale, divisa anch’essa in tre ordini verticali e decorata da un affresco, oggi poco leggibile, raffigurante tre santi a figura intera, tra cui S. Giovanni Evangelista.
Unica testimonianza della chiesa medievale sono gli archetti pensili visibili sulle facciate laterali dell’edificio: conservati nel loro aspetto originario sulla facciata nord, mentre quelli sulla facciata sud sono stati oggetto di intervento nella campagna di restauri attuata negli anni Ottanta del secolo scorso.