La chiesa è situata in contrada S. Giovanni, dominante una piccola piazzetta. La facciata, principalmente in stile gotico, è caratterizzata dalla sovrapposizione dei vari stili che ne hanno influenzato la realizzazione; si presenta a capanna, delineata da tre settori con aperture non omogenee, di cui quello centrale maggiore. Il primitivo rivestimento quattrocentesco a ricorsi regolari in mattoni rossi e pietra bianca, mentre è dominante, il fondale di interventi successivi, fra cui la sostituzione del rosone originario, di cui rimane una traccia, con un rettangolare finestrone rinascimentale.
Altra aggiunta successiva, dell’inizio del XVI secolo, è il portale in pietra con arco su colonne, attribuito a Filippo de’ Grassi di Milano. Gli archi che lo affiancano appartenevano ad antiche tombe nobiliari: quello in cotto è il resto di una tomba Maggi, mentre quello in marmo è l’avanzo di un sepolcro della famiglia Paitone.
Il campanile è romanico e presenta su un lato nuovamente il rivestimento a corsi di pietra e mattoni alternati.
All’interno è visibile l’effetto dell’intervento di ristrtturazione totale del 1651: la chiesa, a pianta a croce latina con transetto si presenta a tre navate, di cui le laterali di dimensioni minori. La navata principale è coperta con volta a botte unghiata impostata alla quota di un cornicione caratterizzante tutta la chiesa, mentre le navate laterlali, scandite dalle colonne e lesene corinzie di separazione delle navate, sono ricoperte con volte a cupola. L’innesto della navata principale con il transetto è definito da una volta a cupola impostata ad una quota maggiore rispetto al restante impianto di copertura voltato, mentre il presbiterio, rialzato dal piano dell’aula è ricoperto nuovamente da una volta a botte a cui si innesta una volta a ventaglio sul fondo, delineata dalla conformazione circolare delle murature verticali dell’abside.
400 – Con l’elezione a Vescovo di Brescia, San Gaudenzio, successore di San Filastrio, rientrò dalla terra santa con molte reliquie, e fondò qui nel Quattrocento la terza basilica bresciana con il titolo di Concilium Sanctorum. A memoria fu posta una lapide murata all’interno della chiesa.
V – Negli anni successivi, sia il Concilium Sanctorum sia una già esistente chiesa di San Giovanni lì vicina furono distrutte dai barbari.
V – Nel V secolo dopo la distruzione del tempio primitivo, viene costruito nello stesso luogo un successivo tempio dedicato ai Santi Giovanni Battista ed Evangelista.
402 – Nel 400 la chiesa viene consacrata.
452 – Il Conciluim Sanctorum viene distrutto dalle invasioni degli Unni comandate da Attila.
761 – La chiesa realizzata successivamente alle invasioni degli Unni del V secolo viene intitolata a S. Giovanni Evangelista ad opera dei Longobardi.
XI – Dal XI al XIV secolo la chiesa venne officiata da un gruppo di canonici capeggiati da un prevosto, sottomessi alla regola di vita di Sant’Agostino.
1151 – A causa di un incendio la chiesa viene successivamente ricostruita.
1173 – Nel 1173 la chiesa fu elevata a Parrocchia e venne eretto un ospedale.
XV – Nel XV secolo viene realizzato l’amobone in legno decorato da un’aquila nera, rappresentante il simbolo dell’Evangelista Giovanni, anticamente collocata sul portale d’ingresso al convento.
XV – Verso la fine del XV secolo, all’esterno della chiesa viene realizzato un chiostro armonioso a doppio loggiato.
XV – Sul finire del Quattrocento lo spazio del’attuale cappella di Santa Maria era utilizzato dalla Confraternita dei Devoti alla Vergine, che lo fece affrescare con un ciclo di scene tratte dalla vita di Maria.
1440 – Nel 1440-1447 ebbe luogo un ulteriore riedificazione con l’aggiunta di due chiostri;
1440 – Il governo della chiesa venne affidato ai Canonici regolari di San Salvatore di Venezia.
XVI – Nel XVI secolo viene realizzato il coro ligneo con eleganti sculture a separazione degli stalli.
1509 – nel 1509 viene realizzata la cappella del del SS. Sacramento.
1517 – Nel 1517 viene realizzato l’organo ad opera di Facchinetti.
1521 – La confraternita del SS. Sacramento, il 21 marzo 1521, chiamò i due importanti autori Romanino e Moretto per realizzare un ciclo pittorico di qualità unica all’interno della cappella del SS. Sacramento.
XVII – Viene realizzata la cappella del battistero, sul fianco sinistro della chiesa.
1651 – Fu eseguita in epoca barocca dal 1651 per circa venticinque o trent’anni un intervento di ristrtturazione pressochè totale a tutto l’edificio, su progetto del milanese Girolamo Quadri, che annullò l’aspetto gotico.
1768 – La congregazione di canonici che si occupavano della chiesa viene soppressa con legge veneta in Pregadi nel 1768 e la proprietà passa al clero cittadino.
1771 – Dalla soppressione del Capitolo, avvenuta nel 1771, la chiesa è affidata al clero diocesano.
1890 – Nel 1890 vengo rifatte le pavimentazioni della chiesa.
1940 – Nel 1940 viene costruito l’organo ad opera di Armando Maccarinelli, a partire da uno precedente.
1994 – Nel 1994 viene restaurato ed ampliato l’organo ad opera di Inzoli-Bonizzi.
2008 – Durante il 2008-2009 la facciata ha subito restauro conservativo.
2008 – Durante il 2008-2009 la cappella del Santissimo Sacramento ha subito un restauro conservativo.
1509 – Nel 1509 viene realizzata la cappella del SS. Sacramento.