La chiesaè realizzata su di un terrapieno, che delimita il sagrato, collegato alla via Benacese da una scalinata di accesso. La facciata è lineare con lesene, al cui sopre corre un cornicione piano cronante il prospetto mascherando gli spioventi del tetto. All’interno si presenta ad unica navata con volta a botte, e introdotta da atrio scandita da due colonne marmoree reggenti archi a sesto sui quali imposta la balaustra e la struttura della cantoria. Sono presenti anche sei cappelle laterali, scandite da lesene e paraste sulle quali aggetta la trabeazione. Il presbiterio, rialzato dal piano dell’aula, è caratterizzato dalla presenza dell’altare maggiore riccamente decorato, con lesena e pala d’altare dedicata al battesimo di Gesù.
XVI – All’inizio del XVI secolo l’antica chiesa dedicata a S. Giovanni Battista era del nobile Vincenzo Zumpato, che ne fece dono prima della spianata Veneta ai religiosi.
1517 – Nel 1517 venne demolita l’antica chiesa di San Givanni Battista a causa della spianata della Repubblica Veneta.
1581 – Il decreto del card. Carlo Borromeo datato 2 novembre 1581 imponeva la ricostruzione dei luoghi di culto che furono interessati dalla pianata della Repubblica Veneta del 1517.
1588 – Nel 1588 i frati Minimi di S. Francesco da Paola edificarono la nuova chiesa e con essa, adicacente il convento.
1588 – L’antica chiesa realizzata nel 1588 era denominata chiesa di S. Givanni Battista in S. Francesco da Paola.
1772 – Nel 1772 la chiesa viene ceduta alla Diocesi.
XIX – Nel XIX viene realizzata la pala dell’altare maggiore.
1932 – nel 1932 Vittorio Trainini restaura ed integra le decorazioni parietali.
1974 – Nel 1974 Gianni Trainini restaura l’apparato decorativo della chiesa.
1980 – Nel 1980 viene realizzata una cappella in un locale a lato della sacrestia.