La chiesa, con orientamento est-ovest, presenta un impianto ad aula unica con due cappelle laterali sporgenti ai lati, volte a botte lunettate a copertura della navata e del presbiterio, e un tetto a falde con manto in coppi. Sul fianco destro si eleva il campanile. La facciata intonacata contrasta con il resto della struttura retrostante, in mattoni a vista. All’interno il presbiterio conserva ancora il grande altare ligneo settecentesco e le relative balaustre provenienti dal convento dei Cappuccini, soppresso in età napoleonica. Dallo stesso convento furono trasportati in San Francesco i due affreschi del Cristo deposto e della Madonna della Neve oggi conservati, dopo lo strappo, nella prepositurale dei Santi Alessandro e Margherita ma di cui restano ancora tracce nelle ancone dei due altari laterali di San Francesco.
1647 – La chiesa fu edificata nella prima metà del XVII secolo entro il 1647, anno della sua consacrazione, come sede della “Scuola del suffragio dei Vivi e dei Morti”, confraternita istituita nel 1643 con approvazione dell’arcivescovo di Milano Cesare Monti.
1802 – Nel 1802 una forte scossa di terremoto compromise la stabilità della chiesa parrocchiale dei Santi Alessandro e Margherita. Le funzioni liturgiche furono così trasferite nella chiesa sussidiaria di San Francesco dopo i necessari interventi di restauro.
2006 – Tra il 2006 e il 2010 su progetto dell’architetto Renzo Marrucci sono stati realizzati i seguenti interventi: consolidamento delle fondazioni, rifacimento completo della copertura, sigillatura delle fessurazioni presenti nelle murature. Si è poi proceduto al risanamento e alla realizzazione degli intonaci della facciata e al ripristino dei vani murari delle finestre e della cornice sottogronda. In conclusione, è stata eseguita la stilatura dei mattoni a vista ed il rifacimento della zoccolatura. Nel 2008 hanno avuto inizio i lavori all’interno dell’edificio dove è stato eseguito il risanamento degli intonaci delle pareti e del soffitto, l’introduzione di un vespaio aerato nell’area presbiteriale e la conseguente ricostruzione del pavimento mantenendo, dove possibile, l’originario rivestimento in cotto. Gli ultimi interventi hanno riguardato il restauro e la pulitura degli altari, delle balaustre e dell’apparato decorativo.