la chiesa, preceduta da un ampio sagrato pavimentato con lastre di pietra, presenta una facciata suddivisa da lesene, in tre settori e da una cornice, in due ordini. Il settore centrale del primo ordine ospita un portale in pietra di Sarnico con ritti decorati e mensole che sorreggono un timpano spezzato al centro, da una lapide. Segue il secondo ordine con al centro una finestra con contorno in pietra di Sarnico sagomata, che illumina la navata. Un timpano triangolare con al centro una scritta che ricorda la dedicazione della chiesa, conclude la facciata. La chiesa ha un’unica navata a pianta rettangolare suddivisa in tre campate da lesene che partono da un basamento in stucco e si innalzano sorreggendo con capitelli corinzi, un cornicione praticabile su cui si imposta la volta a botte che copre la navata. Tre finestre per lato, sopra il cornicione con relativa strombatura di raccordo, danno luce alla navata. Nella prima campata è posto a sinistra l’altare dedicato a S. Caterina e a destra quello dedicato ai Santi Fermo, Rustico, Appollonia e Lucia. Segue la seconda campata con a sinistra l’altare dedicato alla Sacra Famiglia e a destra quello dedicato ai Santi Mauro ed Antonio. Tra la seconda e la terza campata sono posti a sinistra e a destra gli ingressi laterali. Nella terza ed ultima campata sono collocati a sinistra l’altare dedicato alla Madonna del Rosario con i Santi Domenico, Caterina e Francesco e a destra quella dedicata a S. Anna. Un arco trionfale divide la navata dal presbiterio e presenta due ancone contenenti a sinistra e a destra le Reliquie; sotto le Reliquie sono presenti due ingressi a sinistra e a destra che conducono rispettivamente alla sagrestia e alla casa del parroco. Il presbiterio è rialzato rispetto alla navata di due gradini, ha pianta rettangolare, è coperto da volta a botte e si conclude con un coro a pianta rettangolare
1416 – memorie antiche ricordano che il 1 novembre 1416 il vescovo Francesco Aregazzi procedeva personalmente, in luogo, alla posa della prima pietra di una chiesa dedicata a S. Filastro vescovo di Brescia
1471 – la chiesa venne consacrata dal vescovo Ludovico Donato il 12 novembre 1471
1575 – il 16 settembre 1575, l’arcivescovo di Milano, Carlo Borromeo, visitando Villongo, trovò che la chiesa di San Filastro aveva cinque altari. Vi era eretta la scuola del Santissimo Sacramento, mentre non era esercitata la dottrina cristiana
1612 – venne costruito il campanile, tutto in pietra di Sarnico
1667 – secondo quanto si desume dal sommario delle chiese della diocesi di Bergamo redatto nel 1667 dal cancelliere Marenzi, la chiesa parrocchiale di Villongo aveva quattro altari e vi erano erette le scuole del Santissimo Sacramento e del Rosario
XVIII – l’attuale chiesa venne edificata nella prima metà del XVIII secolo
1776 – la chiesa fu consacrata il 5 maggio 1776 dal vescovo “in partibus” Antonio Maria de’ Ambiveris su mandato del vescovo Marco Molino
1781 – nella relazione fatta dal parroco di Villongo San Filastro, in occasione della visita pastorale del vescovo Dolfin, avvenuta il 23 giugno 1781, si annotava che la chiesa parrocchiale aveva sette altari. Al primo era eretta la scuola del Santissimo Sacramento e al secondo altare, sotto il titolo della Beata Vergine del Rosario, era eretta la confraternita del Rosario
1854 – vennero eseguiti gli stucchi interni della chiesa da Giovanni Rigamonti e Luigi Seminati
1919 – vennero eseguite nuove decorazioni per mano dell’artista Umberto Merigliani:la Crocifissione nell’abside e le medaglie della volta illustranti la Gloria di S. Filastro, la Gloria dell’Agnello e S. Anna con la Vergine
1968 – l’esterno fu oggetto di un accurato intervento di restauro
1994 – vennero eseguiti alcuni interventi di restauro e consolidamento sul campanile e sulla chiesa
2002 – vengono eseguite opere di manutenzione straordinaria
2005 – la chiesa viene sottoposta internamente ad un restauro dell’apparato decorativo, inoltre vien eseguito un vespaio areato ed eseguita una campagna di scavi archeologici