1556 – La chiesa, inizialmente dedicata a S. Pietro, fu fondata nel 1556 su iniziativa dello scultore Guglielmo Della Porta come ricorda una lapide collocata in facciata. L’impianto primitivo dell’edificio comprendeva un’aula quadrangolare ad un’abside semicircolare
XVII – Probabilmente nel corso del Seicento viene costruita la nuova abside quadrangolare
1653 – La chiesa passata sotto il controllo della Scuola di S. Marta viene dedicata a S. Carlo
XVIII – La decorazione dell’abside fu realizzata nel Settecento
2006 – Gli interni della chiesa sono stati restaurati fra il 2006 e il 2009

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