La settecentesca chiesa, opera di Gian Battista Caniana, orientata in modo non conforme alle prescrizioni liturgiche del tempo, proprio perché la configurazione del terreno non lo permetteva. Ha l’asse orientato sud-nord con la facciata nord, un piccolo sagrato la precede. La facciata, rimasta rustica ma pienamente leggibile nell’eleganza delle sue linee, presenta il settore centrale più avanzato, raccordato dolcemente ai due settori arretrati. E’ a due ordini architettonici separati dalla presenza dell’anima delle modanature dei cornicioni. Lesene in muratura di cotto, partendo da una base in pietra arenaria si innalzano a suddividere ogni ordine in tre settori. Nel centrale, più avanzato, trova posto un portale in ceppo gentile sormontato da arco interrotto per lasciare posto al cartiglio a forma di stemma con la tiara papale e le chiavi; seguono i due settori laterali ad andamento curvilineo che fanno da raccordo tra la parte avanzata della facciata e i le due coppie di lesene poste alle estremità. Il secondo ordine ripete in ampiezza e stile l’ordine sottostante ed ospita nel settore centrale una finestra dal contorno in cotto sagomato. Sopra la struttura portante del secondo cornicione prosegue la muratura che avrebbe dovuto servire da supporto ad un timpano protetto dalla gronda in legno del tetto di copertura.
Internamente la chiesa presenta una navata suddivisa in cinque campate da gruppi di lesene e contro lesene in stucco che partendo da una zoccolatura corrente in stucco lucido, con i loro capitelli corinzi, reggono la trabeazione ed il cornicione praticabile che corre lungo tutto il perimetro della chiesa e serve da imposta alla volta a botte che la copre. Le lesene separano tra loro le varie campate che hanno dimensioni diverse a secondo della loro funzione e destinazioni. La prima e la quinta campata hanno un andamento curvo e servono di raccordo alla parete di fondo e quella dell’arco trionfale. La seconda e la quarta ospitano ciascuna una cappella per parte, la terza l’ingresso laterale a sinistra e ed una piccola cappella a destra. Il presbiterio sopraelevato di tre gradini ha pianta rettangolare coperto anch’esso da volta a botte e si completa nel coro semicircolare coperto da catino. La sagrestia a destra del presbiterio presenta un’apertura ad arco verso il presbiterio stesso per fare partecipare pure questo spazio all’aula Dei.
1733 – la costruzione di questa chiesa fu iniziata e completata in soli 10 anni su un’area di grande valenza storica. Sorgeva infatti in quel luogo una costruzione fortificata con una torre risalente alperiodo del medio evo, nella cui fortificazione si presume avesse sede una cappella.
1743 – la chiesa fu benedetta da mons. Carlo Lenzi, parroco di S. Pancrazio e Vicario generale la terza domenica di avvento nel 1743. (la chiesa di S. Pancrazio si trova a Bergamo Alta, ed era frequentata dalla stessa famiglia Roncalli che vi fece battezzare i propri figli: la medesima famiglia nobiliare che abitava palazzo Roncalli a Chignolo d’Isola).
1743 – da quest’anno la nuova chiesa consacrata divenne parrocchiale del paese poiché quella precedente, la chiesa dedicata a Santa Maria era insufficiente ad accogliere la popolazione che passò da 250 anime nel XVI secolo a circa più del doppio nel XVIII secolo. La nuova parrocchiale fu impreziosita dalla generosità della popolazione con arredi sacri e paramenti (in particolare gli splendidi addobbi delle Quaranta ore).
1854 – La chiesa di S. Pietro svolse la funzione di parrocchiale sino all’ingresso in paese di don Pasinetti che ne constatò la ristrettezza dell’edificio “assolutamente incapace di contenere la nuova popolazione. Con la costruzione della nuova chiesa parrocchiale, venne riconsacrata con il titolo di Santuario della B.V.M. di Lourdes. I quadri dedicati a San Pietro vennero spostati nella nuova chiesa di S. Pietro (l’attuale parrocchiale); l’organo Serassi venne anch’esso trasportato e modificato da Giacomo Locatelli.
1953 – vengono rifatte le decorazioni interne della chiesa
1958 – vengono effettuate lavori di restauro ai prospetti esterni della chiesa
1981 – restauro generale degli interni della chiesa, inoltre vengono rifatti le pavimentazioni
2006 – la chiesa è stata oggetto di un restauro generale. Vengono consolidate tutte le parti di muratura che risultavano deteriorate e fessurate. Per eliminare l’umidità di risalita viene realizzato un cunicolo perimetrale con griglie di areazione lungo i lati nord e est. Viene rifatto l’intonaco delle facciate esterne ad esclusione del fronte principale (mantenendo l’attuale immagine entrata ormai a far parte della memoria dei chignolesi); con l’intento di uniformare e rendere più luminosa questa facciata e quindi di limitare il contrasto con le facciate laterali, si è intervenuto con una leggera velatura su tutta la superficie del fronte. Opere di integrazione per le decorazioni e le modanature deteriorate. Sostituzione delle parti lignee strutturali della copertura e sostituzione del manto di copertura con posa di nuovi coppi; inoltre viene sostituita totalmente la lattoneria con posa di nuovi canali in rame. Posa di nuovi serramenti in lega d’alluminio con vetrate termoacustiche;