Edificio a tre navate e pianta rettangolare. La facciata è a salienti, raccordati tra loro da elementi curvilinei. L’accesso principale è protetto da un piccolo portico timpanato su colonne. L’intera facciata è divisa in due da una cornice marcapiano orizzontale, particolarmente aggettante nella porzione principale; quest’ultima ospita quattro edicole affiancate da lesene, due per livello, che ospitano quattro statue di santi. Al centro della facciata si trova un riquadro un tempo affrescato, di cui rimangono esili tracce. Sotto il timpano si legge la dedicazione “VIRGINE DEIPARAE MARIAE NASCENTI”, mentre ai tre vertici si trovano altre tre statue. Nelle porzioni laterali della facciata si trovano i due portali minori, entrambi sormontati da un riquadro affrescato. Sul retro a sinistra sorge la torre campanaria.
L’interno è diviso da pilastri, con la navata centrale sensibilmente più larga di quelle minori. La maggior parte delle superfici interne sono ricoperte da decorazioni murarie. Le navate sono coperte da volte a botte lunettate e volte a vela. Il presbiterio, rialzato su gradini e ancora separato dalle balaustre, termina con una abside semicircolare. In controfacciata si trova una tribuna lignea con organo.
sec. XI – Un luogo di culto precedente sorgeva nello stesso luogo della chiesa attuale ma con un differente orientamento. Citato per la prima volta in una carta del 1036 come S. Maria e successivamente dedicato a S. Maria e S. Sebastiano.
1612 – Viene iniziata la costruzione di un nuovo edificio religioso su impulso dei cardinali Carlo e Federico Borromeo.
1623 – Viene costruito il campanile, più volte modificato.
sec. XIX – La chiesa viene ampliata.
1806 – Viene edificato un nuovo campanile voluto da don Carlo Quaglia, anche in seguito alla soppressione del monastero di S. Vittore, la cui presenza impediva di costruire una torre troppo alta che potesse essere usata per osservare la vita interna al monastero.
1893 – L’edificio viene ristrutturato con il completamento della facciata.
1957 – La chiesa diviene santuario in onore di un crocifisso miracoloso.
1959 – L’edificio viene restaurato.
1969 – L’edificio viene interessato da interventi volti ad eliminare le infiltrazioni e l’umidità.
2010 – Viene restaurata la chiesa.