La chiesa, con orientamento nord-sud, presenta una struttura in muratura continua e copertura a falde con struttura lignea e manto in coppi.
La facciata a capanna è sormontata da pinnacoli con oculo centrale e due finestre ogivali e un unico portale di ingresso.
Sul fianco sinistro, in corrispondenza della zona absidale, si erge il campanile con bifore sui quattro lati della cella campanaria e cornice sottogronda ad archetti pensili e copertura a falde in coppi.
Sul lato destro della facciata, addossata alla chiesa, si trova una piccola cappella votiva.
L’interno, a navata unica con soffitto a cassettoni, è scandito da grandi archi ogivali con cappelle laterali fra i contrafforti.
Ai lati del presbiterio si aprono due cappelle minori con altari.
A destra la cappella del Rosario con altare settecentesco con colonne in marmo verde di Verona e a sinistra, l’altare della reposizione con il tabernacolo.
La chiesa conserva al suo interno, in particolare sulle pareti delle cappelle laterali precedenti all’ampliamento di inizio Novecento, tracce di affreschi databili tra la fine del XV e il XVI secolo oltre ad alcune pregevoli opere mobili.
XIII – Edificata forse su un primo nucleo romanico di XI secolo, la più antica citazione della chiesa dei Santi Alessandro e Margherita risale alla fine del XIII secolo ed è contenuta nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani. L’edificio è ricordato, circa un secolo dopo, nella Notitia Cleri Mediolanensis de anno 1398. Elevata a parrocchia all’inizio del XVI secolo, assunse il titolo di Prepositura nel 1576 dopo la visita pastorale di San Carlo Borromeo del 1573.
1834 – Ad inizio XIX secolo, ammaloramenti delle strutture dovuti a prolungate infiltrazioni causarono i primi cedimenti, ulteriormente aggravati dal terremoto del 1802. In quell’anno la chiesa fu chiusa e le funzioni liturgiche trasferite nella sussidiaria di San Francesco. Diverse campagne di restauro furono intraprese a partire dal 1834 fino al 1891, anno in cui è documentato il collaudo da parte dell’architetto Luca Beltrami.
1900 – Su progetto dell’architetto Cesare Nava furono aggiunte tre campate alla struttura originaria e costruita la facciata neoromanica.
1979 – Nel 1979 fu restaurata la facciata della chiesa e venne ampliata la sacrestia.
1991 – Nel 1991 è stata intrapresa una campagna di lavori di restauro degli interni dell’edificio conclusasi nel 1992 che ha compreso interventi strutturali finalizzati all’adeguamento liturgico della zona presbiteriale sulla base delle indicazioni del Concilio Vaticano II.
2005 – Tra il 2005 e il 2006 sono stati restaurati gli affreschi delle cappelle laterali.
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