La chiesa, orientata, ha un impianto basilicale a tre navate e nove campate terminante con tre absidi semicircolari; sotto il presbiterio si trova un’ampia cripta, anch’essa a tre navate.
Il complesso architettonico, dopo gli importanti restauri stilistici ottocenteschi, si presenta anticipato da una poco profonda piazzetta dove una gradinata conduce ad uno stretto e ribassato sagrato di accesso.
La facciata principale a salienti a seguire l’alzato delle navate interne è interamente in laterizi a vista.
Tre portali architravati con lunetta superiore tamponata permettono l’accesso in chiesa.
Superiormente una coppia di monofore e al di sopra di una prima cornice orizzontale in archetti pensili una apertura cruciforme costituiscono le uniche variazioni del paramento che si conclude con un motivo ad archetti pensili in cotto realizzato su una fascia di intonaco, che segue l’andamento a capanna della parte centrale della facciata.
Lungo il fianco sinistro sono stati murati frammenti di epoca carolingia rinvenuti nel restauro: olle cinerarie, lapidi sepolcrali, capitelli, avanzi di transenne, un epitaffio dell’abate Giselberto del IX secolo. All’altezza della seconda campata sul fianco laterale sinistro un breve collegamento vetrato dà accesso ad un edificio ad impianto ottagonale costruito ad inizio Novecento e destinato a Battistero.
Esternamente le absidi sono estradossate, anch’esse in laterizi a vista, scandite da lesene leggermente aggettanti tra le monofore di apertura e coronate da una cornice in archetti pensili.
Al di sopra dell’abside centrale si sviluppa un timpano triangolare a vento in muratura di laterizi a vista.
Internamente l’aula è tripartita da otto colonne per parte di marmo con capitelli in gran parte di spoglio, su cui appoggiano archi a tutto sesto.
Al di sopra si impostano le due pareti piene longitudinali della porzione superiore della navata centrale in cui si aprono una serie di monofore con vetrate artistiche.
Nelle pareti delle navate laterali si aprono altrettante finestre di dimensioni più ridotte.
Il presbiterio è rialzato da una imponente scalinata centrale e comprende l’abside e i primi intercolumni verso il coro.
Sotto il presbiterio ad analoga ampiezza, si sviluppa la cripta per la sepoltura dei martiri: ad impianto rettangolare e terminazione emiciclica è a tre navate con cinque colonne per lato su cui si impostano volte a crociera e archi trasversali ribassati su colonne lapidee con capitelli di spoglio.
La conca absidale era originariamente decorata da lesene in cotto. Sotto la scala che porta al presbiterio si trova una profonda nicchia un tempo dipinta e istoriata.
IX – Il più antico documento in cui si fa menzione della chiesa risale al 806, quando l’arcivescovo di Milano concesse all’abate di Sant’Ambrogio, Arigauso, la corte detta “Prata” con un oratorio dedicato al martire Vincenzo. La chiesa venne costruita su un’area anticamente destinata a necropoli.
X – L’attuale complesso architettonico sembra risalire alla seconda metà del X secolo, mentre l’abside centrale sarebbe del XI secolo.
1386 – L’abate Beno dei Pretoni di Bernareggio fece riparare e decorare la chiesa. In quegli anni furono probabilmente murati i tratti finali dei colonnati.
1464 – A metà del XV secolo, i Zavattari stavano lavorando alla decorazione dell’abside.
XVI – Con l’abbandono del cenobio da parte dei monaci la chiesa andò incontro ad un periodo di decadenza. Nel Seicento vennero intrapresi piccoli lavori di riparazione: l’aggiunta di un fonte battesimale nella navata sinistra, la costruzione del campanile in forme barocche, previa demolizione dell’absidiola destra.
1729 – La chiesa fu restaurata e imbiancata e vennero collocati all’interno i dipinti di Giuseppe Ripamonti e di Pietro Maggi.
1787 – Con l’abolizione della parrocchia e due anni dopo – il 24 ottobre 1789 – la soppressione, i beni di proprietà della chiesa vennero espropriati e l’immobile venne utilizzato per gran parte del XIX secolo per scopi disparati: magazzino, stalla, conserva e fabbrica di acidi.
1880 – Vennero intrapresi importanti lavori di restauro stilistico dell’immobile sotto la direzione dell’ingegnere Giovanni Magni e dell’architetto Gaetano Landriani: furono eliminati molti elementi barocchi tra cui il campanile, che venne riedificato in stile romanico, furono ricostruite le due absidiole laterali e la facciata fu completata. Il progetto per il nuovo campanile e per i locali della sacrestia fu ideato dall’ingegnere Enrico Combi.
1932 – Fu costruito il Battistero, come edificio esterno alla chiesa, su disegno dell’architetto Paolo Mezzanotte. Qui fu collocata l’acquasantiera proveniente dall’antica chiesetta demolita di S. Nazaro in Pietrasanta (in via Dante) che inizialmente in maniera provvisoria era stata collocata in una nicchia all’inizio della navata di sinistra.
1962 – Fu rifatta la pavimentazione interna della chiesa in lastre di beola levigata con un motivo a croce a superficie martellinata alla base delle colonne. La nuova pavimentazione, dono della famiglia Fraizzoli, sostituì la antica pavimentazione in cotto risalente al restauro ottocentesco, molto manomessa dopo l’installazione dell’impianto di riscaldamento.
1970 – Furono intrapresi importanti interventi di restauro e adeguamento del complesso a cura degli architetti Vito e Gustavo Latis, tra cui l’eliminazione delle ridipinture ottocentesche ad eccezione del rivestimento musivo del catino absidale, l’adeguamento liturgico del presbiterio, l’aggiunta delle vetrate artistiche opera di Marta Latis.
1988 – Restauro della cripta a cura degli architetti Vito e Gustavo Latis.