Il santuario orientato con abside a est è posto su di un colle dominante la pianura e le colline brianzole.
Per accedere è necessario percorrere una lunga e suggestiva scalinata che porta al sagrato e alla terrazza panoramica. Un porticato con quattro colonne in granito precede l’ingresso alla navata.
All’esterno, la chiesa è circondata da uno splendido acciottolato del settecento e le superfici dell’edificio sono intonacate e tinteggiate
Dal sagrato si dirama una Via Crucis costituita da sedici cappelle barocche in pietra arenaria con sculture ad alto rilievo, da poco restaurate a cura della Scuola Beato Angelico, raffiguranti le scene classiche della Passione di Cristo.
Lo stile della facciata è sobrio, la pianta si sviluppa con unica navata e cappelle laterali, oltre alla sala capitolare e alla sacrestia collocate sul lato nord. Le volte soprastanti la navata centrale sono a crociera.
La canonica si sviluppa a sud ovest, su due piani.
All’interno lo stile barocco si scopre maestosamente grazie agli affreschi sulle pareti, agli stucchi e alle cappelle laterali.
XIII – In origine la chiesetta duecentesca era semplice cappellania della Plebana di Missaglia, riconosciuta parrocchia nel 1564 e dedicata a San Giovanni Decollato con la compatrona B.V. del Monte Carmelo. La prima notizia risale al Liber Notitiae che indica all’interno anche un altare dedicato a S. Agata.
La riedificazione risale ai primi anni del Seicento sul sito della precedente distrutta da un incendio. La costruzione della chiesa e della canonica si è attuata in tempi differenti. Lo si deduce dalle date ritrovate sotto al pavimento.
In quegli anni vi era anche un cimitero sul lato nord ovest dove sono emersi resti di pietra sepolcrale recanti una data: 1663.
San Carlo, il Cardinale Federico Borromeo e il Cardinale Pozzobonelli, hanno lasciato in archivio le loro relazioni di Visita Pastorale che descrivono la chiesa in buone condizioni, con elementi decorativi e architettonici differenti dagli attuali. Nel 1611 il pavimento era in cemento levigato e il soffitto cassettonato.
XIX – Nel 1854 la parrocchia di Montevecchia fu staccata dalla pieve di Missaglia per essere ammessa al nuovo vicariato di Merate e la dedicazione al Battista rimase fino al 1924 quando fu costruita la nuova parrocchiale più a valle.
Così il Cardinal I. Shuster, nel novembre 1945, consacrò il santuario dedicato alla B. V. del Carmelo dove si venera la statua seicentesca della Vergine col Bambino.
Nel 1951, il parroco don Lorenzo Colombo, predispose l’incoronazione della statua con un programma di celebrazioni che culminò nella collocazione della preziosa icona Mariana presso il tempietto dell’altare maggiore, opportunamente ampliato. Sino ad allora la statua della compatrona era alloggiata nell’altare laterale, ora cappella di san Bernardo.