La chiesa, disposta su asse ovest-est, presenta una facciata classica, composta da due ordini, raccordati tra loro tramite strutture triangolari modanate, così come il timpano superiore.
Le superfici sono alternate da campi vuoti e paraste che si innestano con i cornicioni dei due ordini.
La muratura è intonacata e tinteggiata, con inserti lapidei per la zoccolatura inferiore e la cornice del portone d’ingresso principale, realizzati in granito e cemento decorativo.
Il piccolo sagrato antistante ha subito un recente consolidamento strutturale per cedimenti sul versante ovest.
Internamente la chiesa è composta da un’unica aula con tre cappelle laterali e un’abside semicircolare a est.
Ai due lati del presbiterio sono collocati due ambienti destinati a sacrestia.
XIII – La data di costruzione della chiesa non risulta nota, ma si riscontra la sua esistenza già nel XIII sec., tramite l’elenco delle dipendenze della pieve di Brivio.
Nel 398 viene citata all’interno dell’elenco delle chiese del plebato di Brivio come semplice cappella. Successivamente, fino al XVIII sec., viene ricordata come parrocchia di Novate nelle numerose visite pastorali e nel 1754 si calcola che il numero di parrocchiani fosse di 299.
1854 – Il 7 marzo 1854, con determinazione dell’arcivescovo Bartolomeo Carlo Romilli, la parrocchia di Novate fu assegnata alla pieve di Merate. Nel 1897, in occasione della visita pastorale dell’arcivescovo Andrea Carlo Ferrari, viene documentata la presenza, all’interno della parrocchia di Santo Stefano, della confraternita del Santissimo Sacramento.
1971 – La chiesa è appartenuta alla pieve di Merate fino alla revisione della struttura territoriale avvenuta tra il 1971 e il 1972, che attribuì la chiesa al decanato di Missiglia.
Successivamente, con decreto del 2 maggio 1974, dell’arcivescovo Giovanni Colombo la chiesa viene nuovamente assegnata al decanato di Merate.