La chiesa di S. Antonio alla Motta a Varese presenta una pianta a navata unica con abside rettangolare. La navata è più ampia nella porzione vicina all’ingresso e qui vi sono ospitate quattro nicchie sulle quali sono collocate quattro statue in terracotta raffiguranti S. Paolo, S. Ilario, S. Macario e S. Onofrio. Entrando a sinistra si trova una cappella laterale a pianta rettangolare illuminata da una vetrata. Al di sopra di un altare policromo in marmo, al centro di una finta architettura affrescata, è collocata una tela raffigurante l’Adorazione dei Magi. L’area presbiteriale è separata dalla navata da tre gradini. Sulla parete di fondo si trova una statua lignea seicentesca raffigurante S. Antonio collocata al di sopra di un piedistallo in marmo. La chiesa è illuminata da vetrate rettangolari di cui due sono dotate di un parapetto decorativo metallico. In corrispondenza della controfacciata si trova una tela firmata da G. Lanfranco raffigurante la Madonna con il Bambino, S. Giuseppe e S. Carlo. Entrando a destra, al di sopra del confessionale in legno intagliato, si trova una tela raffigurante la Madonna con il Bambino insieme ai Santi Agostino e Marta. La chiesa è caratterizzata da un ricco ciclo di affreschi che danno vita a un complesso di scenografie e finte architetture. Alle pareti si trovano finti parapetti, balconi, davanzali, colonnati, nicchie e cornici, il tutto realizzato con tecnica trompe l’oeil per esaltarne la geometria e la tridimensionalità. Nell’area presbiteriale, accanto a un finto tiburio con cupola, è stata raffigurata la Gloria di Sant’Antonio in cui il Santo Patrono ascende al cielo sorretto da angeli esultanti per raggiungere tra le nubi Dio Padre e Gesù. La navata è decorata in corrispondenza dell’ingresso dalla rappresentazione dell’Esaltazione in cui la Santa Croce viene sorretta da schiere angeliche. L’area presbiteriale è esaltata da un finto colonnato e da un monumentale coro ligneo intagliato che abbraccia tutto il perimetro absidale.
La chiesa si affaccia su un ampio sagrato e presenta tre portali di accesso in pietra. I due laterali, i più piccoli, sono dotati di un timpano triangolare mentre quello centrale, il più grande, di un timpano curvilineo. Quest’ultimo è sorretto da mensole decorate. La facciata principale è scandita da quattro lesene; le due centrali hanno una larghezza inferiore rispetto a quelle poste agli estremi della facciata. Al centro si trova una vetrata policroma rettangolare. In basso a sinistra è collocata una statua di S. Antonio al di sopra di un piedistallo lapideo. Superiormente una sporgente fascia marcapiano, sorretta da sobrie mensole, divide la parte inferiore da quella sommitale. Questa è composta da un elemento centrale dotato di un timpano triangolare, di due elementi a voluta ai lati, di due lesene a sezione semicircolare e di una nicchia vuota. Ai lati si trovano due balaustre tamponate e due piccoli obelischi agli angoli. La facciata presenta un sobrio rivestimento a intonaco di color crema, più chiaro negli sfondati. La zoccolatura è in pietra.
1593 – Nel 1593 Giuseppe Bernascone progettò la chiesa.
1606 – La chiesa fu edificata tra il 1606 e il 1614 trasformando un preesistente oratorio.
1613 – Tra il 1613 e il 1623 Francesco Selva realizzò un ciclo di quattro statue in terracotta raffiguranti santi.
1619 – Nel 1619 si costruì il campanile.
XVIII – Al XVIII secolo risalgono le decorazioni interne di Giovanni Battista Ronchelli.
1756 – Nel 1756 Giuseppe Baroffio realizzò un ricco ciclo di affreschi composto da scenografie e finte architetture.
2007 – Tra il 2007 e il 2010 si svolse una campagna di restauri sia degli interni sia degli esterni dell’edificio. Nello stesso periodo si operò anche il rifacimento della copertura.