La chiesa, orientata con abside a est-, si presenta con un ampio sagrato antistante.
Quest’ultimo rialzato rispetto alla strada laterale ma digradante verso lo spiazzo adibito a parcheggio, ubicato di fronte.
All’esterno la facciata principale è incompleta, con laterizio a vista, inserti in granito e la torre campanaria collocata sul lato meridionale.
Lo stile è tipico del Barocchetto Lombardo e nasconde la copertura della navata a doppio spiovente con coppi in cotto e canali in rame.
Questa facciata risale al 1600, realizzata a seguito di un ampliamento della chiesa e rimasta incompiuta sino ad oggi.
Si presenta con due ordini composti da colonne circolari in laterizio a vista che sorreggono, in sommità e un timpano solo accennato sul lato destro, adiacente al campanile.
Al centro il portale d’ingresso principale è ben evidenziato dal un ulteriore timpano in granito sorretto da altre colonne laterali in laterizio a vista.
All’interno di questo spazio è collocato un elemento decorativo in granito costituito da paraste laterali e timpano ad arco che inquadrano il portone d’ingresso principale.
Sempre in facciata sono ben visibili le quattro nicchie, ora vuote, collocate tra le coppie di colonne in laterizio.
Internamente, la chiesa ha un’unica navata e nove cappelle laterali.
Il coro è semicircolare, sormontato da una volta a catino è preceduto da una zona presbiteriale con volta a botte, in cui si trova la mensa.
Ai lati del presbiterio vi sono due ambienti: la sacrestia a destra e un secondo ambiente utilizzato come deposito, sul lato sinistro.
Esternamente al presbiterio, verso la navata, svettano i due pulpiti lignei in stile barocco.
XIII – Goffredo Da Bussero cita nel suo Cartolario alcuni lasciti per le chiese di Merate (S. Bartolomeo, S. Dionigi e S. Maria di Sabbioncello). Non parla della chiesa di S. Ambrogio forse perché non faceva parte dei beni dell’Abbazia di S. Dionigi, alla quale erano destinati i lasciti dell’anno 1040 descritti nel Liber Notitiae. Tuttavia la chiesa è molto antica e ne parla il parroco Pietro Mauro nel 1639 affermando che tutta la documentazione storica fu dispersa all’epoca della peste. Il cimelio a tal punto più significativo è la lapide triangolare con l’effige di S. Ambrogio recante una data: 11 aprile 1461. Pare che questa lapide appartenesse al portale d’ingresso principale della chiesa. Oggi si trova applicata Sull’ingresso della Canonica.
1758 – Nel 1758 fu restaurata tutta la chiesa e ornata di nuovi stucchi in stile barocco, cancellando i vecchi dipinti presenti sulla volta.
Presso l’altare della Madonna, Giacomo Antonio Cucci dipinse le medaglie a fresco mentre Domenico Mutti di Carnate eseguì gli ornati a stucco.
Osservando meglio si comprende che l’apparato decorativo fu realizzato in due tempi.
1760 – Nel 1648, in occasione di lavori di ampliamento alla chiesa, sotto la direzione dell’architetto Carlo Buzio, fu demolito l’antico campanile che si trovava fra le due cappelle di S. Anna e S. Orsola e ricostruito l’attuale, allungando la navata della chiesa e ampliando la piazza antistante. Le opere rimasero incompiute a causa di “calamità dei tempi”. Tutt’oggi sono incompiute.
1836 – Il prevosto Sala descrive che nel 1836 la chiesa fu “guastata” perché vennero distrutti i ricchi ornati a stucco e le medaglie dipinte.
Una modifica alle decorazioni del presbiterio fu eseguita anche nel 1976 con l’intento di conservare gli ornati di stucco barocchi e ridipingere alcune figure. Le tinte di fondo vennero rinnovate, così anche le decorazioni in oro.
Durante il restauro furono puliti anche i due grandi affreschi raffiguranti “Dio che porta la Legge a Mosè, sul monte Sinai” (a destra) e “Gesù che accoglie i bambini” (a sinistra). Entrambe sono opera del pittore bergamasco A. Sibella e portano la data del 1896.
Anche i due affreschi seicenteschi presenti sulla volta (S. Ambrogio che ferma l’imperatore Teodosio e S. Carlo che comunica gli appestati) furono restaurati e riportati alla situazione originale in chiaro scuro.
1957 – Nel 1957, a spese dell’Amministrazione comunale, con lo scopo di agevolare il transito veicolare, aumentando il calibro stradale di via Cerri, fu accorciata la cappella di S. Caterina.
Sempre nello stesso momento venne abbellita la piazza pavimentandola con porfido a cubettti, aggiungendo aiuole con fiori e alberi a basso fusto.
1978 – il primo organo fu realizzato nel 1842 a opera di Carlo Serassi di Bergamo, sostituito nel 1911 dall’attuale, restaurato nel 1979.