La facciata si presenta suddivisa in due ordini da un cornicione mediano e si conclude con un timpano triangolare. Nel 1948 vennero aggiunti due campi laterali dove s’innestano due porte laterali per l’accesso dei fedeli. Nell’ordine superiore della facciata vennero create due ampie volute di raccordo alle paraste esterne della facciata superiore. Ai lati del portone e della finestra centrale sono presenti quattro finte nicchie dipinte con immagini di Santi.
La chiesa ha pianta rettangolare e presenta una navata unica su cui si affacciano sei cappelle, tre per parte. Delle sei cappelle due sono adibite a servizi ecclesiatici e quattro sono dedicate alla devozione. Sul retro della facciata è presente un grande affresco raffigurante l’Ultima Cena e sopra il cornicione sono invece rappresentati i quattro evangelisti.
Le lesene sono decorate con finte cornici, che contengono elementi a falso rilievo simili per la navata, presbiterio, coro ma diversi in ogni cappella.
La volta della navata ha al centro delle vele sovrastanti le finisetre dove sono raffigurati i Vescovi Padri della Chiesa; la decorazione è costituita da campiture di colore contornate da squadrature, false cornici e fasli rilievi. Sulla volta del presbiterio è raffigurato l’adorazione del SS. Sacramento contornato da quattro piccoli affreschi con dei putti mentre la volta del coro è costituita da tre affreschi che narrano le vicende di Sant’Agata.
XIV – Non si conosce l’epoca di primitiva fondazione della chiesa di Marcignago, che dipendeva in origine dalla pieve di Trivolzio. Secondo le notizie raccolte la chiesa più antica era di stile gotico archiacuto ed era decorata con dipinti che raffiguravano soldati romani; conteneva un sepolcro gentilizio della famiglia Re e due altari minori dedicati a San Roccco e alla Vergine del Rosario.
1556 – Il titolo attuale della chiesa è legato alla Religione francescana, e i Francescani, provenienti dal convento dei Santi Gervasio e Protasio a Pavia, s’insediarono nella vicina Trivolzio nel 1556.
1859 – Venne decorato l’interno con volti di profeti e scene sacre che s’ispirano allo stile del Rinascimento.
1948 – La facciata venne allargata con l’aggiunta di due campi laterali a imitazione di quella parrocchiale di Trivolzio. Vennero inserite due porticine laterali per l’accesso dei fedeli.
1950 – Venne adottato il decreto di vincolo monumentale e contemporaneamente venne restaurata la facciata.