1574 – L’antica chiesa si S. Maria di Villincino, di probabile impianto romanico, è stata oggetto di precise disposizioni strutturali e liturgiche, impartite durante i secoli, in particolare con il primo Borromeo e con la potenza della famiglia Carpani.
Il cardinale ordina che il SS. Sacramento sia custodito solo dopo aver assicurata la chiesa con inferriate; di adattare le aperture del ciborio del battistero affinchè si possano aprire più comodamente; di realizzare il Sacrario incassato nel muro, con finestrella e chiave per chiuderlo.
Inoltre, S. Carlo Borromeo, prima di spostare la sede della Pieve d’Incino da S. Eufemia a S. Maria di Villincino, sondò l’opinione pubblica se attribuire la nuova sede Plebana in Contrada (Erba Alta), dove risiedevano famiglie importanti, oppure a Villincino.
La scelta, obbligata anche da un fattore ambientale, si orientò come ben sappiamo verso Villincino che era anche sede del podestà e si contavano numerosi gli uffici e le botteghe.
1590 – Un documento testimone della Controriforma Carolina ci riporta nel dettaglio le riparazioni eseguite presso la nuova Pepositurale di S. Maria, soggetta a degrado diffuso e danneggiato dai fedeli in occasione della benedizione papale del 1590.
“Le pile per l’acqua santa erano a terra, mancavano le finestre e le porte del sacrista, Tutti e tre gli altari dovevano essere fatti come santuari.
Furono disposte tavole in noce per gli altari del Rosario e di S. Cristoforo, si adattò il tetto e il campanile”.
1752 – L’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli il 13 giugno 1752 si reca alla Prepositura che consacrò in quattro ore.
Nella sua relazione di visita descrive l’edificio con unica navata e restaurata all’inizio del secolo corrente. Dedicata alla Natività della B. V. ha una Cappella del Battistero di forma quadrata, separata dalla chiesa che aveva tre altari. Quello maggiore, il secondo a settentrione, dedicato alla B.V. del Rosario e quella di S. Carlo, a meridione.
Ciò che descrive il Pozzobonelli è il risultato di una ricostruzione settecentesca voluta dal prevosto Antonio Meda che modificò l’orientamento della chiesa, ruotandolo di novanta gradi. La forma originaria a navata unica aveva orientamento con abside a nord mentre la consuetudine dei primi cristiani vuole l’orientamento con abside a est, dove il sole sorge.
Nella sua visita, il cardinale Pozzobonelli elogia per la cura del tabernacolo e per aver realizzato gli interventi decretati dal suo predecessore Card. Archinti.

1839 – Nell’Ottocento numerosi interventi strutturali furono avviati sulle chiese di Erba. Parravicino ampliò la parrocchiale di Incino dedicata a S. Maria Nascente. Un cronista del “Corriere sul Lario”, nel 1858 descrisse questi interventi: “un pronao antistante si colloca pesantemente, con poca eleganza; le due cappelle interne si pongono come mausolei sepolcrali; nella chiesa manca la luce e gli apparati artistici e liturgici non seguono regole canoniche; i due pulpiti furono sostituiti da un seggiolone a destra; il pulpito dorato conservato dall’antichità si scopre solo durante le celebrazioni solenni; le pareti interne erano state decorate malamente; la sacrestia è spoglia; l’altare è goffo e umido come sessan’anni or sono”.