XIV – Il complesso architettonico attuale – costituito dalla chiesa, i due chiostri e la biblioteca umanistica – sorge nel luogo dove venne fondata la chiesetta di Santa Maria di Garegnano che la storiografia individua nelle seconda e terza cappella laterale sinistra della attuale chiesa.
1445 – I padri di San Marco in Milano cedettero il 29 maggio alla congregazione dell’Osservanza agostiniana in Lombardia il convento e la chiesa di Santa Maria di Garegnano.
1450 – Nel 1450 Bianca Maria Visconti, moglie di Francesco Sforza, fece costruire una nuova chiesa intitolata a San Nicola da Tolentino (attuale navata destra) la cui costruzione si concluse plausibilmente intorno al 1460.
1451 – Con la donazione di un appezzamento di terreno del Duca di Milano ai frati nel 1451, si diede avvio alla costruzione del nuovo convento: dal 1451 al 1480 venne realizzato il grande chiostro quadrato e il porticato; nel decennio successivo su costruito il piccolo chiostro e la biblioteca umanistica.
1453 – Costruzione delle cappelle dei Landriani (terza cappella laterale destra attualmente detta della “Sacra Famiglia”) e dei Bossi (prima cappella laterale destra attualmente detta “dei Mercalli”).
1468 – Galeazzo Maria Sforza concede ai frati dell’Incoronata l’acquisizione di beni che permettono l’inizio dei lavori di unificazione dell’antica chiesa di Garegnano con quella di San Nicola di Tolentino, dando vita a un edificio a due navate, il cosidetto perfezionamento “ad quadratum”.
1510 – Fu costruito un nuovo refettorio e un terzo chiostro, oggi scomparso.
1798 – In seguito alle riforme napoleoniche, il convento agostiniano fu soppresso.
1906 – Vennero intrapresi, in lotti successivi, interventi di restauro dei prospetti esterni della chiesa e degli interni, diretti in parte dall’arch. Luigi Perrone. L’attuale assetto decorativo della chiesa, “liberata” dalle stratificazioni storiche sei e ottocentesche, si deve agli interventi di restauro di quegli anni.
1979 – Lavori di restauro della chiesa rivolti soprattutto al recupero statico dell’edificio, a cura del soprintendente aggiunto arch. Sylvia Ponticelli Righini. Precedentemente furono eseguiti restauri dell’abside a cura dell’arch. Liliana Grassi.
2001 – Stacco dell’affresco attribuito al Bergognone (Morassi) che raffigura Cristo sotto il torchio a forma di croce e con i piedi nel tino da cui esce sangue raccolto dai Padri della Chiesa. L’affresco fu restaurato e successivamente ricollocato sulla parete destra della prima cappella sinistra detta del Bergognone.
2007 – Tra il 2007 e il 2008 venne sviluppato il progetto per l’adeguamento poli liturgici a cura dello scultore Armando Marrocco, mai realizzato per mancanza di fondi. Negli anni successivi furono realizzati degli arredi lignei posati a secco (e quindi rimovibili) per adeguare il presbiterio ai dettami del Concilio Vaticano II. Seguirono negli anni 2014 e 2015 altri interventi come lo spostamento della statua lignea “Vergine Maria Incoronata” nella Cappella dedicata alla Madonna, seconda cappella sinistra.
2010 – Adeguamento normativo delle centrali termiche della chiesa e del complesso parrocchiale.
2014 – Restauro del Crocifisso ligneo policromo, collocato nella chiesa parrocchiale, a cura del laboratorio di restauro Colombo De Angeli Serio di Milano.

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