La chiesa di Santa Maria della Misericordia ha una pianta a navata unica, terminante in un presbiterio con testata rettilinea, coperto da una volta a crociera. Due absidi minori sono ricavate nello spessore murario ai lati del presbiterio. Dal presbiterio, sul lato settentrionale, si accede ad un locale quadrangolare adibito a sacrestia, mentre sul perimetrale meridionale, a fianco della piccola absidiola sud, si trova l’accesso alla torre campanaria. Oggi la chiesa presenta un soffitto moderno a soletta di cemento e un pavimento moderno in cotto con mattonelle disposte a lisca di pesce. Il presbiterio è sopraelevato di due gradini rispetto alla navata e sulla parete di fondo si apre una finestra a mezzaluna. L’esterno dell’edificio è molto semplice: ha profilo a capanna, i contrafforti laterali sono più sporgenti e si differenziano dalla parete anche per la scelta del recente intonaco bicromo. Nella facciata si apre il portale maggiore e una finestra quadrangolare moderna. Sul lato settentrionale si trova la torre campanaria, costruita in laterizio.
XIII – La chiesa di Santa Maria della Misericordia è una delle tre chiese più antiche di Magnago. Non si conosce la data della sua edificazione, ma è già citata alla fine del XIII secolo nel “Liber Notitiae Sanctorum Mediolani” di Goffredo da Bussero. La chiesa è quanto rimane di un convento di religiosi dell’Ordine dei Padri Servi di Maria, o Serviti, chiamati nella parrocchia di Magnago nel 1504 dal parroco Giovanni Ridolfo della Croce, e rimasti nel paese fino alla soppressione di tutti i conventi con un numero inferiore a sei religiosi, operata nel 1652 da papa Innocenzo X.
1653 – I frati Serviti, in obbedienza alla bolla papale, lasciarono Magnago nel 1653 e il complesso, con oratorio e convento, passò sotto la giurisdizione dell’Ordinario di Milano. A partire dal 1670, il complesso venne affittato a Baldassarre Della Croce.
1683 – Lo stato di manutenzione della chiesa lasciava alquanto a desiderare, come evidenzia la Visita Pastorale del Procancelliere alla pieve di Dairago Michele Crivelli nel 1683. Da quel momento la chiesa andò incontro a un lungo periodo di decadimento, ancora testimoniato dalla visita del cardinale Pozzobonelli nel 1753.
1913 – Nel 1913, nell’area intorno alla chiesa, corrispondente agli spazi del convento, venne ricavato l’Oratorio maschile. Tre anni più tardi il terreno intorno adiacente a Santa Maria venne venduto a un privato.
1957 – Una prima campagna di restauro dell’Oratorio di Santa Maria venne intrapresa tra il 1957 e il 1958: l’antica copertura a cassettoni con antiche travi di legno a vista venne sostituita da una soletta in cemento armato. Alla fine del 1975, venne demolito ciò che restava dell’antico convento e fu costruito un moderno condominio. L’ultimo importante restauro venne realizzato tra il 1994 e il 1995, che portò a un totale rifacimento della pavimentazione della chiesa e dell’area presbiteriale. Durante i lavori venne portata alla luce anche la cappella in spessore di muro a sinistra dell’altare maggiore. Si procedette inoltre al recupero delle pitture murali. Nel 2006 venne effettuato il restauro conservativo del campanile.