1507 – Due lapidi poste nei chiostrini nord e sud del sacello testimoniano la posa della prima pietra il giorno 29 settembre. Il Santuario fu costruito, secondo la tradizione, in seguito alla miracolosa guarigione di tre fanciulli francesi, dovuta alla visione della Vergine e allo sgorgare di una polla d’acqua purissima. Sicuramente il Santuario era collegato a un ricovero per ammalati affetti da peste.
1508 – Un documento d’archivio attesa Giovanni Antonio Amadeo quale progettista della chiesa.
XVII – L’ampliamento della chiesa originaria e del convento avvenne ad opera dell’architetto Guidobombarda, con la consulenza del Richini e fu loro affidato dai monaci di San Simpliciano (1547), da cui Santa Maria alla Fontana dipendeva fin dalle origini: “una sola navata con ordine ionico arricchita di varie cappelle in ambedue i lati” (Torre, 1674).
1798 – Soppressione del convento. La chiesa di Santa Maria alla Fontana diventa parrocchia.
1879 – Con mons. Ravasi vengono intrapresi numerosi lavori nel complesso ecclesiastico. Fu costruito il campanile su disegno dell’arch. Maciacchini, con campane dell’attigua ditta Barigozzi, si rifece il pavimento interno della chiesa, fu collocato un organo della ditta Marelli.
1920 – Ampliamento della chiesa superiore ad opera degli architetti Alberto Griffini e Paolo Mezzanotte, voluta da mons. Antonio Lattuada. L’impianto della chiesa superiore si amplia di due navate laterali con il prolungamento della chiesa verso la piazza per una campata. Il lavoro di ampliamento della chiesa si concluse con l’erezione della facciata, sempre sotto la direzione dei due architetti.
1930 – Terminato l’assetto della chiesa vennero collocati i nuovi altari nelle cappelle del SS. Crocifisso, della Madonna del Rosario e del Sacro Cuore di Gesù.
1935 – L’arch. Griffini si occupò della sistemazione del campanile, che venne intonacato.
1956 – Restauro della chiesa ad opera dell’arch. Ferdinando Reggiori con rifacimento ex novo del lato ovest del chiostro sud, demolizione di tutto il lato di mezzogiorno del complesso, sostituendolo con un moderno edificio parrocchiale. L’architetto costruì inoltre ex-novo, eccetto la prima arcata, tutto il lato nord e il lato ovest del chiostro nord dove riprodusse il motivo cinquecentesco delle specchiature e delle arcate cieche con gli oculi inscritti.
1985 – Collocazione del tabernacolo e della pala raffigurante il beato Bartolomeo Menni.
1997 – Restauro della chiesa.
2006 – Intervento di restauro conservativo delle coperture e delle facciate della chiesa a cura dell’arch. Gaetano Arricobene.
2008 – Restauro interno della chiesa parrocchiale (superfici decorate, pavimentazione e impianto di riscaldamento) a cura dell’arch. Gaetano Arricobene; restauratore: Giacomo Luzzana.
2012 – Restauro dipinto – olio su tela – raffigurante “Madonna con il Bambino, Angeli, Santi e un donatore” detto anche “Madonna alla fontana”, situato nella sacrestia della chiesa parrocchiale dal restauratore Giacomo Luzzana di Civate.

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