Il santuario di Santa Maria alla Fontana è un complesso architettonico molto stratificato: il nucleo originario è costituito da un piccolo sacello a pianta quadrata, di circa 11 metri di lato, cui sono accostati due chiostri porticati pure quadrati; dietro al sacello si sviluppa una piccola sagrestia a volta lunettata per quattro campate in larghezza e due in profondità.
Il sacello è ricoperto da una volta ad ombrello ed è interamente affrescato con figure di santi di scuola luinesca; in chiave di volta è collocata la statua in legno e stucco dorato di Dio Padre benedicente, opera cinquecentesca precedente al ciclo pittorico.
Su tale impianto poggia la chiesa superiore, ricostruita e ampliata a partire dal 1922 dagli architetti Griffini e Mezzanotte. La chiesa è collegata con il santuario, che si trova oltre tre metri sotto il livello naturale del terreno, tramite una scalinata con volta a botte sul lato settentrionale.
La chiesa superiore è a tre navate, con tre cappelle laterali per lato, transetto rettangolare, presbiterio e profondo coro quadrangolare che corrisponde probabilmente ad una cappella quadrata di una precedente fase costruttiva.
L’interno completamente intonacato e decorato è ritmato da lesene binate a sottolineare l’andamento alterno delle aperture ad arco tutto sesto verso le navate laterali: di ordine maggiore in corrispondenza delle cappelle; di ordine minore quelle intermedie.
La navata centrale è coperta da una volta a botte lunettata; due volte a vela coprono invece la campata in corrispondenza del transetto e la zona del presbiterio. Le navate laterali sono coperte da volte a crociera.
La facciata principale di stile neorinascimentale si caratterizza per l’andamento a salienti e per l’alternanza della muratura in laterizio facciavista con elementi lapidei a definire le cornici e le fasce marcapiano dei tre livelli in cui si organizza la facciata.
Elementi decorativi significativi sono il portale principale architravato con soprastante lunetta in cui è inserito un altorilievo in terracotta e le archeggiature a tutto sesto su colonnine che scandiscono il secondo (bifore) e il terzo ordine (trifore).
Il campanile sul lato meridionale della zona presbiteriale risulta interamente intonacato con parate leggermente sporgenti a sottolineare i cantonali. La cella campanaria sotto la quale è posizionato l’orologio, si presenta con monofore a tutto sesto inconrniciate da semicolonne che reggono un timpano triangolare spezzato.
1507 – Due lapidi poste nei chiostrini nord e sud del sacello testimoniano la posa della prima pietra il giorno 29 settembre. Il Santuario fu costruito, secondo la tradizione, in seguito alla miracolosa guarigione di tre fanciulli francesi, dovuta alla visione della Vergine e allo sgorgare di una polla d’acqua purissima. Sicuramente il Santuario era collegato a un ricovero per ammalati affetti da peste.
1508 – Un documento d’archivio attesa Giovanni Antonio Amadeo quale progettista della chiesa.
XVII – L’ampliamento della chiesa originaria e del convento avvenne ad opera dell’architetto Guidobombarda, con la consulenza del Richini e fu loro affidato dai monaci di San Simpliciano (1547), da cui Santa Maria alla Fontana dipendeva fin dalle origini: “una sola navata con ordine ionico arricchita di varie cappelle in ambedue i lati” (Torre, 1674).
1798 – Soppressione del convento. La chiesa di Santa Maria alla Fontana diventa parrocchia.
1879 – Con mons. Ravasi vengono intrapresi numerosi lavori nel complesso ecclesiastico. Fu costruito il campanile su disegno dell’arch. Maciacchini, con campane dell’attigua ditta Barigozzi, si rifece il pavimento interno della chiesa, fu collocato un organo della ditta Marelli.
1920 – Ampliamento della chiesa superiore ad opera degli architetti Alberto Griffini e Paolo Mezzanotte, voluta da mons. Antonio Lattuada. L’impianto della chiesa superiore si amplia di due navate laterali con il prolungamento della chiesa verso la piazza per una campata. Il lavoro di ampliamento della chiesa si concluse con l’erezione della facciata, sempre sotto la direzione dei due architetti.
1930 – Terminato l’assetto della chiesa vennero collocati i nuovi altari nelle cappelle del SS. Crocifisso, della Madonna del Rosario e del Sacro Cuore di Gesù.
1935 – L’arch. Griffini si occupò della sistemazione del campanile, che venne intonacato.
1956 – Restauro della chiesa ad opera dell’arch. Ferdinando Reggiori con rifacimento ex novo del lato ovest del chiostro sud, demolizione di tutto il lato di mezzogiorno del complesso, sostituendolo con un moderno edificio parrocchiale. L’architetto costruì inoltre ex-novo, eccetto la prima arcata, tutto il lato nord e il lato ovest del chiostro nord dove riprodusse il motivo cinquecentesco delle specchiature e delle arcate cieche con gli oculi inscritti.
1985 – Collocazione del tabernacolo e della pala raffigurante il beato Bartolomeo Menni.
1997 – Restauro della chiesa.
2006 – Intervento di restauro conservativo delle coperture e delle facciate della chiesa a cura dell’arch. Gaetano Arricobene.
2008 – Restauro interno della chiesa parrocchiale (superfici decorate, pavimentazione e impianto di riscaldamento) a cura dell’arch. Gaetano Arricobene; restauratore: Giacomo Luzzana.
2012 – Restauro dipinto – olio su tela – raffigurante “Madonna con il Bambino, Angeli, Santi e un donatore” detto anche “Madonna alla fontana”, situato nella sacrestia della chiesa parrocchiale dal restauratore Giacomo Luzzana di Civate.
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