Chiesa votiva posta a chiusura a Nord di un complesso cascinale – la corte Anna – che fu nel Settecento monastico ad ampia struttura quadrangolare e con la presenza di una torre. Semplice e pulita nelle linee di costruzione, l’edificio offre la scarna facciata (molto simile a quella del contemporaneo oratorio di San Rocco) si pone come sfondo al termine della strada di accesso alla cascina.
1344 – La chiesetta dedicata a Santa Margherita venne costruita a parte dal monastero delle consacrate che si era insediato a Busnago nella località Cortiana, come succursale delle Umiliate di Santa Margherita di Monza (da qui la dedica alla Santa della chiesa).
1710 – Piccola cappella fatta ristrutturare dalla famiglia Drago nei primi anni del Settecento, rimasta per molto tempo sotto il patronato dei Padri Crociferi di Milano dopo la cessione da parte della Congregazione Benedettina Femminile.
1980 – La facciata e le pareti perimetrali esterne vengono reintonacate e tinteggiate come le leggiamo ai giorni nostri.