La chiesa prospetta su una piccola piazzetta ed è inglobata in un complesso che ne preclude la percezione di tutti i lati. La facciata è in chiaro stile barocco caratterizzata da due ordini sovrapposti ripartiti da lesene di ordine coposito, divisi da un importante cornicione. Le lesene delimitano i tre ingressi alla chiesa, uno centrale, più ampio, e due laterali. Tra le lesene ci sono delle nicchie che ospitano statue degli apostoli tra cui S. Tommaso, a cui la chiesa è dedicata. Nel secondo ordine sono ripetute le nicchie con le statue dei santi, e in centro una nicchia con cornice modanata e angoli tondeggianti. La facciata si conclude con un fronte squadrato che si raccorda attaverso due ali curve a pilastrini laterali. Il campanile presenta la parte bassa cinquecentesca che si conclude con l’aggiunta della guglia a base ottagonale avvenuta nel settecento. La pianta è a croce latina, a tre navate; la navata centrale termina in un’abside semicircolare. All’interno è stato conservato l’impianto basilicale di origine romanica. Le pareti delle navate sono arricchite da splendidi affreschi del periodo romanico, e sotto l’attuale pavimento sono stati rinvenuti i mosaici dell’antica basilica benedettina.
1110 – La chiesa parrocchiale è sorta come basilica all’interno dell’abbazia benedettina di San tommaso, fondata forse nel sec. VIII. La costruzione della chiesa risale al 1100 circa; nel 1110 esisteva già il coro della chiesa. La chiesa si è conservata sostanzialmente, nella struttura, nelle suo forme originarie seppure con modifiche nel corso degli anni.
1500 – Durante il cinquecento la chiesa ha subito diversi rimaneggiamenti ed interventi. Sono state costruite le volte e intonacate le pareti andando ad occludere in questo modo gli affreschi romanici presenti.
1500 – La costruzione del campanile attuale risale al cinquecento, in cui fu costruita la parte inferiore, mentre nel seicento è stata costruita la guglia e rivisitati i prospetti.
1700 – Nel 1700 sono state aggiunte le cappelle laterali, l’altare maggiore e gli stucchi del presbiterio; inoltre è stata rifatta la facciata della chiesa in chiaro stile barocco.
1929 – Nel 1929 la facciata della chiesa è stata restaurata per la conservazione degli intonaci e dell’aspetto architettonico.
1977 – Nel 1977 sono stati riportati alla luce gli affreschi medievali presenti sulle pareti e i mosaici sul pavimento. I restauri e gli studi sono proseguiti per diversi anni.
1982 – I tetti della navata centrale e delle cappelle laterali sono stati rifatti verso gli anni novanta, inserendo opportune impermeabilizzazioni.