La Chiesa di San Pietro in Gessate e il complesso annesso hanno una storia ricca e articolata, iniziata nella seconda metà del XIII secolo come Domus degli Umiliati, un movimento religioso e laico coinvolto nella lavorazione e commercio della lana. Gli Umiliati, a causa di crisi dottrinali e politiche, furono soppressi nel 1571, e il complesso fu trasformato in priorato benedettino della congregazione di San Giustina nel 1447. I Benedettini, supportati dalla corte ducale, ampliarono il monastero e completarono la chiesa intorno al 1460. Nel 1493, Papa Alessandro VI elevò il priorato ad abbazia su richiesta del duca di Milano.
Nel 1772, il monastero fu soppresso e l’edificio destinato all’orfanotrofio dei Martinitt, attivo fino al 1932.
I monaci si trasferirono a San Simpliciano, e la chiesa divenne parrocchia nel 1787, per poi essere unita alla parrocchia di Santa Maria della Passione nel 1805, causando malcontento tra i residenti.
Tra il XIX e il XX secolo, la chiesa fu oggetto di importanti scoperte artistiche e restauri, tra cui i cicli pittorici di Butinone e Zenale (1862) e il restauro della cappella di San Giovanni Battista (1911-14).
La chiesa subì gravi danni durante la Seconda Guerra Mondiale, con la distruzione della navata destra e la perdita di molte opere d’arte.
La ricostruzione riportò il campanile alla sua forma originale, ma i chiostri furono in gran parte demoliti o modificati.
Nel 1940, la costruzione del Tribunale di Milano di fronte alla chiesa cambiò ulteriormente l’aspetto dell’area circostante.