XIII – Risale al XIII secolo una memoria di una chiesa posseduta dagli Umiliati e dedicata ai Santi Pietro e Paolo, detta in “Glaxiate”.
XV – Tra la fine del Quattrocento e l’inizio del Cinquecento risalgono sia la decorazione della cappella del Battista, ascrivibile alla mano di Giovanni Donato, che l’affresco con le “Esequie di S. Martino”, situato nella omonima cappella, probabilmente lacerto di un ciclo dedicato al santo.
1460 – Dell’attuale chiesa non si conosce la data certa di edificazione né l’architetto che molti riconoscono in Giuniforte Solari. Intorno al 1460 fu eretta la cappella maggiore, voluta dai fratelli Azzereto e Pigello Portinari; nel 1464 venne sepolto nella terza cappella di sinistra, Mariotto Obiano. A questa data una buona parte dell’edificio doveva essere terminata e il suo completamento dovrebbe essere avvenuto intorno agli anni settanta del Quattrocento.
1486 – Esecuzione degli affreschi con le “Storie della Vergine” opera attribuita a Agostino de’ Mottis e aiuti nell’omonima cappella, commissionati da Leonardo della Serrata, canonico regolare e preposito della vicina chiesa di San Barnaba.
1489 – Ambrogio Grifi iniziò a pensare alla decorazione della sua grande cappella, stipulando dapprima un contratto con il pittore Troso di Lodi, poi rivolgendosi a Vincenzo Foppa. Di fronte alle inadempienze di quest’ultimo si rivolse a Buitone e a Zenale che nel 1492 portarono a termine il programma iconografico.
1571 – Durante il corso dei secoli la chiesa subì varie innovazioni, tra cui l’allungamento dell’abside voluta dall’abate Paolo Orio.
1640 – Sull’impianto solariano così impostato si intervenne più volte, nel corso dei secoli: dopo l’ampliamento cinquecentesco, la zona absidale fu nuovamente oggetto di trasformazione in epoca barocca, quando furono ristrutturati pure il campanile (ancora visibile nel 1950) e i tre portali d’accesso da parte dell’abate Giulio Redaelli.
1903 – Dopo un lungo dibattito, i prospetti esterni della chiesa furono sottoposti ad un importante progetto di restauro a cura dell’architetto Brioschi, con la rimozione di molti elementi barocchi.
1943 – L’intero complesso architettonico fu gravemente danneggiato dai bombardamenti del 1943, specie nella navata destra alla quale era addossato il convento. Seguirono lavori di rifacimento delle volte della navata centrale e di quella destra. Il campanile venne restaurato nel 1950, riabbassandolo e riportandolo parzialmente all’aspetto originario.
1980 – Progetto per il tabernacolo della cripta e del paliotto a cura dell’arch. Silvio Sassi.
1988 – Restauro degli affreschi della Cappella Grifo.
2000 – Progetto per l’illuminazione esterna della chiesa a cura dello studio associato LED.
2003 – Progetto di restauro della chiesa, cofinanziato con l’8 per mille CEI.
2006 – Restauro della facciata e del prospetto laterale su via Chiossetto.
2008 – Restauro conservativo dei paramenti esterni del transetto, della zona absidale e del fianco destro della Chiesa S. Pietro in Gessate, comprensivo del restauro dei finestroni e delle relative grate di protezione.

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