XIII – La chiesa è menzionata una prima volta nel 1259 tra le parrocchie di Porta Vercellina, quindi come “capella” alla fine del XIV sec., infine come rettoria di S. Ambrogio sin dal 1564. Nel 1605 (visita Federico Borromeo) l’edificio era articolato con una semplice pianta rettangolare a sala unica di proporzioni e stile romanico; grazie all’accurata descrizione di Serviliano Latuada (cit. in Colella) sappiamo che era molto semplice “senz’alcun ordine di ben intesa architettura”. Tracce di una qualche antichità sono ancora oggi individuabili nella prima cappella a sinistra, dedicata col tempo al Crocifisso, e nel settore della facciata corrispondente, ossia a sinistra dell’ingresso.
1659 – Nel 1659 a seguito del ritrovamento di un’immagine della Madonna precedentemente murata, iniziarono i lavori di ricostruzione dell’edificio guidati da Girolamo Quadrio da Gian Battista Paggi: al primo, secondo le fonti, si deve l’impianto dell’aula interna, al secondo il disegno della facciata esterna, terminata nel 1660.
1688 – Nel 1688 sono attestati lavori di costruzione della sacrestia e nel 1701 per il campanile, oggi non più presente.
XVIII – Nel corso del Settecento si registrano il rifacimento dell’altare maggiore (1725) e l’ampliamento del prospetto della chiesa verso la contrada laterale, dove ancora spicca al primo piano dei fabbricati annessi alla chiesa un balcone con elegante ringhiera di ferro.
1787 – Nel 1787, con le soppressioni di Giuseppe II Imperatore d’Austria, la chiesa fu privata di tutte le prerogative e nel 1800, con l’avvento della Repubblica Cisalpina, l’edificio fu adibito a deposito militare.
1824 – La cappella sinistra, dedicata alla Madonna della Misericordia, fu ampiamente rimaneggiata nel 1833; l’intervento comportò la ricostruzione quasi integrale del vano su una pianta quadrata in luogo della precedente terminazione semicircolare. Forse in quella occasione fu demolito il muro con la raffigurazione della Madonna miracolosa la cui scoperta aveva motivato, nel XVII sec., l’avvio del cantiere di riforma integrale della chiesa. A compensazione, col tempo (nel 1924, secondo Ponzoni), trovò qui ricovero una statua di Madonna con Gesù Bambino di anonimo scultore trecentesco, originariamente posta da Azzone Visconti sull’antica Porta Vercellina.
2006 – Nel 2016 è terminata una campagna di restauro conservativo che ha riguardato: coperture, facciate e interni, adeguamento impiantistico e nuova illuminazione. Il restauro conservativo delle superfici interne ha riportato in luce un’articolata decorazione con dipinti murali risalenti all’ampliamento di metà Seicento progettato da Girolamo Quadrio, precedentemente coperti da una pesante tinteggiatura marrone stesa nella seconda metà del XX sec. Il discialbo ha consentito di riportare alla vista anche il grande dipinto murale a mezzo fresco che orna il catino absidale e raffigura un Cristo Pastore in tunica rossa e manto blu, con il bastone e il gregge di pecore a lui rivolto. In occasione di questi interventi è stato infine ricomposto e ripristinato il portone ligneo seicentesco, riportando in luce una decorazione a rombi e losanghe incisa e dipinta nell’essenza di rovere, forse frutto del disegno di Gian Battista Paggi.

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