1289 – Goffredo da Bussero, nel 1289, redigendo il suo “Liber Notitiae Sanctourm Mediolani”, registrava “in plebe Dairago loco Magniago in Horo” dove si trovava l'”ecclesia Sancti Michaelis”. Questa è la prima notizia scritta circa l’esistenza a Magnago di una chiesa dedicata a San Michele Arcangelo. Ancora, il 18 agosto 1455, il prete Francesco della Croce risultava parroco della stessa chiesa, che comprendeva anche la decima di Bienate. Non esistono informazioni sull’aspetto della chiesa tra medioevo e prima età moderna.
1580 – La prima testimonianza dell’aspetto della chiesa di San Michele è fornita dalla Visita Pastorale di san Carlo Borromeo (14 aprile 1570). La chiesa si presentava a navata unica con pianta rettangolare. Le dimensioni della navata erano 13×6 metri circa. Il campanile si trovava davanti alla chiesa, sul lato sinistro. Descrizione e dimensioni rimangono sostanzialmente invariate anche in due resoconti del 1672 e del 1689.
1710 – Tra il 1710 e il 1726 venne edificata una nuova chiesa, in luogo di quella antica. I documenti non indicano la data esatta di inizio lavori, non esistono disegni, si conserva la notizia della consacrazione del nuovo edificio nel 1726. La prima descrizione del nuovo fabbricato è datata 1753 ed è contenuta in una Visita Pastorale del cardinale Pozzobonelli. L’edificio era a navata unica, con un transetto poco sporgente e un presbiterio molto esteso. Non si accenna alla forma dell’abside, ma presumendo che fossero state rispettate le “Istruzioni” pubblicate da Carlo Borromeo, si ipotizza un emiciclo semicircolare. La pianta era quindi più vicina ad una croce greca per le proporzioni adottate. A sinistra dell’ingresso era stata eretta una nuova torre campanaria a pianta quadrata.
1847 – Dal 1847 al 1852 si procedette ad un importante ampliamento della chiesa, che avvenne unicamente verso la parte absidale, raggiungendo la lunghezza attuale. Vennero aggiunte altre due cappelle sporgenti, una per lato; riedificata l’abside semicircolare; costruita una sacrestia sul lato settentrionale, accanto all’abside.
1924 – La prima pietra della nuova chiesa venne posta il 19 ottobre 1924. I lavori, su progetto dell’ing. Spirito Maria Chiappetta, ebbero inizio il 10 novembre 1924. Il cantiere avanzò demolendo progressivamente un pezzo di chiesa alla volta, partendo dalla parte anteriore, e procedendo direttamente alla ricostruzione. La chiesa attuale conserva le dimensioni della chiesa ottocentesca, in particolare abside e facciata ricalcano perfettamente i perimetrali precedenti. La ricostruzione si concentrò in modo particolare sull’allargamento dei muri laterali, con la realizzazione di tre navate, di due cappelle absidate sporgenti su ogni lato, due presbiteri minori laterali absidati e una nuova sacrestia sul lato meridionale del presbiterio.
1926 – Nel mese di marzo del 1926 venne demolito il campanile in facciata, per permettere di terminare il nuovo prospetto della chiesa a tre navate e iniziarono i lavori per la costruzione della nuova torre campanaria, dietro la chiesa, sul lato meridionale.

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