La chiesa di San Martino viene citata per la prima volta, come già esistente, in un documento del 1233 in cui un certo Francesco da Fossano cedeva alle monache Umiliate “de Sancti Martini” delle case poste lungo la via Morazzone perché ne facessero la nuova sede del convento che rimaneva separato dalla chiesa da un piccolo appezzamento di terra.
Nel corso del 1400 la chiesetta, romanica e più piccola dell’attuale, fu decorata all’esterno con archetti in cotto (se ne vede traccia sul lato di via Dandolo) e in facciata con due affreschi, San Martino e San Cristoforo, ora scomparsi (tracce del secondo furono strappate e poste in Battistero nel restauro degli anni ’70).
Fu S. Carlo che ordinò di acquistare la terra che separava il convento dalla chiesa per unire i due edifici affinché le monache potessero presenziare alla Messa senza uscire. Il convento si addossò alla chiesa sui lati nord (dove ora sono i palazzi moderni) e sul lato est (dietro l’altare).
Nel 1600 fu terminato il campanile (di cui oggi non rimane traccia) e vi si pose una campana fusa e benedetta nella Basilica di San Vittore.
Nel corso del XVII secolo il monastero crebbe di importanza. È nel 1722/23 che la chiesa fu decorata come noi oggi possiamo ammirare; alla sua decorazione lavorarono i principali artisti varesini del tempo: i fratelli Giacomo e Antonio Francesco Giovannini affrescarono le architetture illusionistiche in cui erano specializzati (notevole quella dipinta sulla volta del presbiterio); Giovanni Antonio Speroni – che era anche il capomastro dei lavori – realizzò gli stucchi; il Magatti dipinse la volta con la Gloria di San Martino, la cappella della monache (ora distrutta); nel presbiterio affrescò i quattro angeli che reggono in mano i simboli della Messa (turibolo, incensiere, messale e brocca) e, nei pennacchi della volta, quattro affreschi monocromi con scene della vita di San Martino.
Nel 1723 Francesco Maria Bianchi dipinse i quadroni sui lati della navata: il Martirio di San Bartolomeo (lato sinistro) e il Martirio di San Lorenzo (lato destro).
Nel presbiterio si apre la porta di quanto rimane della sacrestia originaria, incorniciata da un affresco con architetture a tromp l’oeil e una scena, monocroma, di un Santo (forse San Martino) in estasi davanti alla Vergine. Nel 1798 durante la Repubblica Cisalpina, il convento fu chiuso, le monache sciolte dai loro voti e allontanate; gli edifici del convento furono prima trasformati in abitazioni e infine demoliti.
La chiesa, sopravvissuta alla soppressione del convento, venne utilizzata prima come deposito militare poi come fienile.
Nel 1855, un incendio scoppiato per il fieno provocò gravi danni agli affreschi, danni che furono riparati nel 1858 con un restauro e la chiesa tornò al culto. Un nuovo restauro fu promosso nel 1932 e infine l’ultimo, del 1969/70 che adeguò l’edificio alle nuove norme emanate dal Concilio Vaticano II.
La balaustra che separava l’aula dal presbiterio fu tolta e riutilizzata come base per la mensa attuale.
La chiesa fu adornata da nuove opere di artisti moderni: la pala d’altare con S. Martino che dona il mantello al povero è del pittore Silvio Consadori (1909/1994); le formelle che fanno da porta agli ex reliquiari (a sinistra: San Martino insegna; a destra: San Martino celebra) e l’alto rilievo sotto la pala (scene della vita di S .Martino), tutti in bronzo dorato, sono dello scultore Virginio Ciminaghi; il leggio e la cattedra con i simboli degli evangelisti sono di Mario Rudelli e il Crocefisso e i candelieri sono di Enrico Manfrini.
Tutte queste opere sono state eseguite nel 1969 come risulta dai documenti originali depositati presso gli Uffici Parrocchiali.
1233 – La chiesa di San Martino viene citata per la prima volta in un documento del 1233. La sua facciata presentava due affreschi raffiguranti San Martino e San Cristoforo.
1568 – A seguito delle visite pastorali di S. Carlo Borromeo si decise tra il 1568 e il 1574 di unire l’esistente convento a locali adiacenti. In quest’occasione la chiesa fu sopraelevata e si aprirono finestre più ampie.
1600 – Nel 1600 fu terminato il campanile di cui oggi non rimane traccia.
1722 – Tra il 1722 e il 1723 la chiesa fu internamente decorata da Giacomo e Antonio Giovannini, da Giovanni Antonio Speroni, dal Magatti e da Francesco Maria Bianchi.
1798 – Nel 1798 il convento fu chiuso e la chiesa di S. Martino fu utilizzata prima come deposito militare e successivamente come fienile.
1858 – Nel 1855 un incendio provocò gravi danni agli affreschi. Questi furono riparati nel 1858 con un restauro promosso dal Prevosto Crespi.
1858 – Nel 1858 la chiesa tornò ad essere un luogo di culto.
1932 – Nel 1932 fu condotto un restauro dell’edificio.
1969 – Nel 1969 ebbe luogo un ulteriore restauro. Nello stesso anno si operò un rifacimento dell’area presbiteriale.