La Chiesa di S. Giovanni Battista in Avigno è stata costruita negli anni ‘60 del XX secolo. L’edificio è impostato su schema rettangolare.
L’ingresso principale è preceduto da una scalinata, collocata tra la parete di ingresso alla chiesa e il paramento murario che costituisce la facciata, nel quale sono inseriti pannelli con vetri policromi che lasciano filtrare la luce naturale.
L’interno è a navata unica, di altezza maggiore nella porzione centrale, con presbiterio rialzato, terminante con parete curva, che ospita l’altare maggiore, l’organo suddiviso in due registri ed un Crocifisso ligneo.
Le pareti in muratura intonacata presentano alcune vetrate policrome, più ampie sul lato sud, elementi con rivestimento ligneo (navata) ed in cemento a vista (presbiterio).
Oltre all’altare maggiore, si colloca sul lato sud un altare laterale, vi è inoltre sul lato nord una statua raffigurante S. Giovanni Battista.
L’edificio è coperto mediante solai a falde variamente inclinate.
Sul fianco nord del presbiterio si trova la cappella con il fonte battesimale..
1961 – La prima pietra della chiesa è stata posta nel 1961, come ricorda anche una targa murata all’interno della chiesa. La costruzione fu iniziata quando la parrocchia di S. Giovanni Battista ancora non esisteva ufficialmente.
La nuova parrocchia nel rione Avigno, in Varese, fu infatti istituita su decreto (1962) del cardinale Giovanni Battista Montini, Arcivescovo di Milano. La sua istituzione era stata motivata con la distanza del rione, dove si trovava un villaggio INA-Case, dalle chiese parrocchiali di Masnago e Velate. Il territorio della nuova parrocchia fu distaccato dalle parrocchie di Santo Stefano in Velate e dei Santi Apostoli Pietro e Paolo in Masnago.