La chiesa sorge su un colle a dominio dell’abitato e del lago, lungo la strada provinciale diretta a Brezzo di Bedero. Il luogo è frutto di complesse stratificazioni non ancora chiarite. Scomparse del tutto le vestigia di un antico castello (X sec.), del quale rimaneva in piedi ancora alla fine del XIX sec. una forte e grande torre, rimane il bel cimitero dei primi dell’Ottocento, coperto da ininterrotte file di porticati ornati di affreschi, e al quale si accede per un elaborato portale settecentesco, a sua volta riadattamento di una cappella votiva. La chiesa è a navata unica con presbiterio a terminazione rettilinea innestato senza risalti volumetrici sull’aula fedeli. L’indistinta navata che ne consegue è mossa unicamente dalle due cappelle laterali per parte; le maggiori, a profilo poligonale, furono aggiunte alla fine del XVII sec. sul rinnovato corpo della chiesa a costituire, quasi, una sorta di transetto. La facciata ha un bel portale, di classico disegno, con fregio rettilineo retto da due semicolonne doriche. Vi si associa la “serliana” sovrastante, unico altro elemento decorativo del sobrio prospetto, replicata sulla fronte posteriore del presbiterio. Il campanile conserva parte dell’originaria fabbrica medievale. Il battistero si trova a sinistra dell’ingresso, ospitato in una nicchia a profilo circolare ricavata nello spessore delle murature.
XIII – In assenza di indagini approfondite e di ispezioni archeologiche, la fondazione di S. Giovanni Battista, antica parrocchiale di Germignaga, isolata in alto su un colle, presso il cimitero moderno, non può che esser fatta risalire ad anni precedenti la prima attestazione, del 1256. Di fatto, si trattava di chiesa castellana le cui ampie prerogative furono sancite dalla precoce istituzione di una cappellania (1398) e di una rettoria pur nell’ambito spirituale del centro plebano, saldamente ancorato nel S. Vittore Martire di Brezzo di Bedero. Tali prerogative e alcuni indizi porterebbero, però, a retrodatare di secoli una possibile fondazione: l’originaria e rara intitolazione a S. Giovanni Evangelista (che ha permesso di stabilire un’ipotetica relazione con l’omologa intestazione della basilica di Castelseprio del V sec.) e l’inserimento in un complesso castellano (oggi del tutto scomparso) la cui fondazione (o rifondazione) si colloca agli inizi del X sec.
XVII – Quale che fosse la forma della chiesa romanica o proto-romanica, nel corso del XVII sec. il S. Giovanni di Germignaga fu sottoposto a radicale rinnovamento, dalle fondamenta. Ne fu artefice, pare, Agostino Silva da Morbio, autore di un non rintracciato e non chiarito piano di ampliamento delineato nel 1653 e approvato nel 1671. Di fatto, la chiesa aveva subito un precedente rinnovo entro il 1611, anno in cui la comunità della vicina Voldomino (oggi frazione di Luino) decideva di adeguare la propria parrocchiale alla facciata (centrata da “serliana”) appena innalzata a Germignaga. Probabile, quindi, che il piano di Agostino Silva sia da riferire ad un prolungamento del coro, dove, su un prospetto posteriore rettilineo, speculare a quello d’ingresso, fu aperta un ulteriore finestra a “serliana”. Su questo impianto, una lunga e indistinta navata, furono innestate, entro la fine di quel secolo, due cappelle laterali giustapposte, in foggia quasi di transetto, a terminazione poligonale.
1921 – All’interno della chiesa, un’iscrizione ricorda i benemeriti che contribuirono ai lavori di restauro e di ampliamento eseguiti, come si legge, nel 1921. Le opere di restauro si risolsero nell’introduzione di nuove pavimentazioni, che ancora si conservano, e nel ripristino dell’ornamentazione pittorica interna. L’ampliamento fu limitato alla costruzione di una cappella laterale, a sinistra del presbiterio, dedicata a S. Giovanni Battista e oggi scomparsa per via dell’adeguamento funzionale operato in quel settore della chiesa in anni più recenti.
2010 – Nel 2001, un incendio, probabilmente di origine dolosa, partito dal locale cereria, danneggiò sensibilmente l’edificio, che resterà inagibile fino al 2010. Solo dopo un impegnativo lavoro di restauro, la chiesa è ritornata alla comunità locale; in occasione di questi lavori, è stato possibile recuperare alcune tracce di impianti decorativi più antichi emersi al di sotto dell’omogenea veste decorativa otto e novecentesca.