Le fonti storiche dicono che la chiesa di S. Pietro, (oggi intitolata a S. Francesco per ordine di S. Carlo Borromeo nel 1570) era uno dei luoghi di culto più antichi del borgo di Saronno, già citata in documenti del 1154 e del 1169.
Le stesse fonti datano ad un tempo più tardo l’insediamento di una comunità francescana residente di fianco alla chiesa dal XIII secolo.
Da ricordare inoltre la funzione svolta dal convento di Saronno di archivio per la conservazione delle carte relative alla Comunità saronnese come da ordinanza ducale dei tempi di Gian Galeazzo Visconti del 1355.
Nella chiesa di S. Francesco sopravviveva l’altare maggiore dedicato a S. Pietro che rimase, fino al 1570 di pertinenza del curato del borgo per la celebrazione della S. Messa , suscitando, com’è facile immaginare, delle controversie con la Comunità francescana.
Durante il XV secolo le fonti parlano di interventi significativi, da un punto di vista architettonico, che trasformarono l’antica chiesa in più armoniose forme rinascimentali.
I lavori di abbellimento e decorazione continuarono, all’interno, anche nel XVII e XVIII secolo.
Un eloquente segno della decorazione settecentesca permane nel teatrale trompe-l’oeil affrescato sulla parete della controfacciata.
La vita di tutto il complesso francescano di Saronno fu drasticamente interrotta dall’intervento napoleonico di soppressione di questo, come di altri, centri monastici imposto nel 1797.
Da quella data chiesa e convento vissero sempre sorti separate dopo usi impropri di tutti i locali che deturparono strutture e decorazioni.
Un momento segnato da un sincero anelito religioso fu la fondazione nel 1836 dell’oratorio per la gioventù del borgo e anche di un orfanotrofio e successivamente l’istituzione del PIME (Pontificio Istituto Missioni Estere) ad opera di mons. Ramazzotti, come ricorda la lapide murata a sinistra dell’ingresso alla sacrestia.
Di grande interesse la decorazione del coro con l’ovale delle Stigmate di S. Francesco, i tondi con quattro figure allegoriche, sopra gli stalli ; due grandi affreschi con scene bibliche, che riguardano il patriarca Mosè, campeggiano a destra e sinistra sulle pareti davanti all’altare maggiore. mentre sulla volta vi è il dipinto del trionfo dell’Eucarestia.
Particolarmente ricca la decorazione delle cappelle che si aprono nelle due navate:
A destra: la cappella dell’Angelo custode; del Crocifisso e di S. Carlo; la cappella di S. Antonio da Padova, con affreschi della prima metà del XVIII secolo; S. Giovanni Battista con il ciclo delle storie del Precursore e per ultima SS.Cosma e Damiano.
A sinistra: la cappella di S. Giuseppe da Copertino; della Pietà, dov’e collocato un prezioso gruppo ligneo della deposizione di Cristo; la cappella di S. Martino, dell’Immacolata, (nella nicchia però c’è la statua dell’Addolorata), di S. Caterina e da ultimo la cappella della Madonna del Rosario.
Molte delle cappelle erano di patronato di nobili famiglie saronnesi come si desume dai diversi stemmi che compaiono sulle volte delle crociere; si evidenziano ad esempio lo stemma Reina, Lucini, Zerbi, Bossi, Rossi, Visconti.
In molti casi le cappelle erano anche sepolcro dei componenti delle famiglie patronali che provvedevano anche alla decorazione.
Le fonti concordano nel sottolineare il ruolo del padre Gerolamo Maderma, guardiano della Comunità francescana saronnese, che fu il fautore di importanti interventi nella chiesa come l’importante ciclo della storie di S. Francesco alternate a quelle di S. Antonio da Padova, realizzate dal pittore saronnese Giovanni Ambrogio Legnani, nell’attico sopra gli archi delle cappelle, nel 1678 come attesta un cartiglio dipinto dallo stesso Legnani. Anche la facciata è opera della prima metà del XVIII secolo.
XII – La prima citazione di una chiesa intitolata a San Pietro e ubicata nel sito dell’attuale chiesa risale al 1154. Presso l’antica chiesa, in seguito allo sviluppo del movimento francescano durante il XIII secolo, si ebbe la fondazione del convento dei Frati Minori.
XV – L’attuale assetto planimetrico della chiesa di San Francesco risale al XV secolo.
XVI – A partire dal 1566 si svolgono le grandi visite pastorali: nel 1570 San Carlo visita la chiesa che aveva subito un cambio di dedicazione da S. Pietro (passata alla parrocchiale di Santa Maria) a San Francesco. Nel cinquecento la chiesa vede un’epoca di fioritura artistica e di rinnovo degli altari, ad opera presumibilmente di maestranze locali. Operano nella chiesa anche i figli di Bernardino Luini (che aveva lavorato al Santuario): Aurelio e Giovanni Pietro realizzano l’affresco della cappella della Madonna del Rosario (6^ cappella a sinistra).
XVII – La chiesa fu ampiamente ristrutturata nel Seicento, soprattutto alla metà del secolo, per impulso dei locali Superiori francescani; in primo luogo fu modificata la parte centrale della facciata. Nel 1678 le pareti della navata centrale furono decorate con le storie dei SS. Francesco e Antonio, opera di Giovanni Ambrogio Legnani.
1708 – Rifacimento degli apparati decorativi della cappella di S. Antonio da Padova con pitture di Andrea Porta e dei fratelli Gianbattista e Gerolamo Grandi.
1797 – Con la Rivoluzione francese, e con la costituzione della Repubblica cisalpina, si ebbe la cessazione della presenza francescana a Saronno. Il 6 ottobre del 1797 si operò la soppressione del Convento, con la decisione governativa di accorpare la comunità locale con un’altra di Milano. Con la Restaurazione, il convento non fu ricostituito.
1850 – Presso la chiesa di San Francesco, il 31 luglio, si dava inizio al “Seminario Lombardo per le Missioni estere” ad opera di mons. Angelo Ramazzotti. Il seminario di lì a breve fu trasferito a Milano e la chiesa rimase di pertinenza della parrocchia.
1850 – Regolarizzazione del fronte settentrionale della chiesa, a seguito dell’apertura di corso Italia, con contestuale demolizione della parte absidale della cappella dell’Immacolata.
1931 – Il 3 luglio del 1931 la chiesa fu proclamata monumento nazionale.
1934 – Grazie alla solerte attenzione di padre Sevesi, vengono intrapresi lavori di restauro della cappella del Rosario ad opera del restauratore Emilio Rossi. Del gennaio 1935 è il restauro dei medaglioni della cappella dell’Immacolata ad opera di Pelliccioli.
1966 – I restauratori Gritti e Benigni restaurano la cappella di San Giovanni Battista, realizzando l’altare in cui viene inserito il paliotto di scagliola preesistente.
1969 – Alla fine degli anni sessanta del novecento per opera di mons. Antonio Benetti proseguita da mons. Ugo Ronchi e mons. Angelo Centeneri vengono intrapresi lavori di restauro della facciata (1981) e della copertura; viene inoltre affrontato il problema di umidità di risalita con la creazione di un vespaio aerato e la realizzazione di una nuova pavimentazione interna.
2000 – A seguito della caduta di frammenti dalla statua ubicata nella nicchia di destra della facciata principale della chiesa, è stato previsto e realizzato un progetto di restauro dell’intera facciata su progetto dell’arch. Cristina Sironi.
2010 – Restauro del gruppo scultoreo il Compianto di Andrea da Corbetta a cura di Carola Ciprandi.
2016 – Restauro della copertura della chiesa con l’inserimento della linea vita (arch. Carlo Mariani).
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