1623 – In seguito ad un incendio che nel 1623 distrusse la chiesa di Sant’Anastasia, sita non lontano da via Sant’Andrea (oggi via Montenapoleone), i Minimi di San Francesco di Paola riuscirono ad avviare la ricostruzione della chiesa e l’erezione di un ospizio ad essa collegato.
1630 – La costruzione della nuova chiesa di Sant’Anastasia che sorgeva su corso di Porta Nuova (attuale via Manzoni all’angolo con l’attuale via Montenapoleone) si concluse negli anni trenta del Seicento, ma a causa di difficoltà e contrasti con le altre comunità religiose, i Minimi nel 1632 dovettero ottenere dal vicario generale metropolitano una nuova concessione per l’uso della chiesa.
1653 – La situazione finanziaria precaria dei Minimi e le controversie con gli altri ordini continuarono fino al 1675, quando il nobile milanese Michele Tadino destinò i suoi beni proprio allo scopo di ripristinare la residenza milanese dei padri Minimi. Del progetto del convento, considerato un fuori scala rispetto al tessuto urbano circostante, fu terminata solo un’ala.
1726 – Dal 1726 i Minimi continuarono ad incrementare le loro proprietà allo scopo di costituire una nuova chiesa dedicata a San Francesco di Paola, data l’insufficienza di Sant’Anastasia a contenere i sempre più numerosi devoti. La costruzione della nuova chiesa iniziò nel 1728 su progetto dell’architetto Marco Bianchi.
1735 – La chiesa fu aperta al culto, sebbene mancasse ancora l’altare maggiore (vi era un modello ligneo) e delle quattro cappelle laterali sono due erano funzionanti; le lesene erano prive di capitelli e il pavimento era in terra battuta. I tre gradini del sagrato furono realizzati nel 1738.
1749 – Fu costruito in “marmi lustri” l’altare maggiore con ciborio, ad opera di Giuseppe Buzzi di Viggiù con accessi laterali al retrocoro monastico.
1752 – Il Buzzi terminò l’altare dedicato a san Michele Arcangelo, con una pala di Giacomo Guerrini.
1787 – Trasformata in parrocchia dalle leggi di Giuseppe II, la chiesa e il convento furono abbandonati dai Minimi il 20 settembre 1803 e affidati al clero secolare.
1868 – Il parroco Stefano Sormani fece decorare il presbiterio dai fratelli Turri, ornatisti specializzati in decorazioni in stile neobarocco, e sostituì il vecchio pulpito.
1891 – Dopo il progetto non realizzato di gusto neoclassico dell’Amati per il completamento della facciata principale, quest’ultima venne compiuta in stile neo barocco da Emilio Alemagna.
1907 – Il parroco Rodolfo Dosi promosse la decorazione della cappella della Madonna la cui antica immagine fu sostituita da una statua lignea.
1911 – Il prevosto Giovan Battista Schenone fece restaurare il campanile e fu eseguito il restauro dell’affresco del Giudici a cura del Cavenaghi. Fece anche completare dal Comolli la decorazione della chiesa e provvide alla tinteggiatura della facciata e al nuovo battistero.
1921 – Restauro dell’affresco della volta dell’abside opera di Osvaldo Bignami.
1943 – Nell’agosto 1943 la chiesa subì importanti danneggiamenti a seguito dei violenti bombardamenti che colpirono la città. Seguirono importanti interventi di restauro e ripristino, in particolare il rifacimento della pavimentazione in marmo del presbiterio.
1949 – La chiesa venne consacrata il 24 giugno 1949 dal cardinale Schuster.
1950 – In quegli anni furono intrapresi importanti interventi di restauro, tra cui la realizzazione del riscaldamento a pavimento e il recupero dell’organo.
1999 – Intervento di restauro complessivo del manufatto che ha interessato gli affreschi della volta, le stuccature, i grandi quadri dell’abside illustranti episodi della cita di San Francesco di Paola, nonché l’apparato ligneo nel suo complesso (coro, confessionali, portali d’accesso). Fu inoltre rifatta la pavimentazione in cocciopesto.
2012 – Progetto di restauro della facciata principale a cura degli architetti Isabella Rigamonti e Sonia Sganzerla.

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